结论前置：员工在职的公司能否办理破产手续，需分情况讨论，具体如下：

1. 公司具备破产原因且符合法定程序时，可办理破产手续，员工在职状态不影响破产申请
   根据《企业破产法》第二条，企业法人不能清偿到期债务，并且资产不足以清偿全部债务或者明显缺乏清偿能力的，可依法申请破产。此时，无论公司是否有员工在职，只要满足破产原因（如资不不限于到期债务无法清偿、资不抵债等），均可向法院申请破产清算、重整或和解。
   例如，公司因经营不善长期亏损，拖欠供应商货款且无力偿还，即使仍有员工在职，也可依法申请破产。此时，员工在职状态不影响破产程序的启动，但破产程序中可能涉及员工权益保护问题（如工资支付、经济补偿等），需在破产程序中依法处理。

2. 员工在职状态可能影响破产程序中的具体安排，但不影响破产申请的合法性
   若公司申请破产，员工在职状态可能涉及以下法律问题：

   • 工资支付：根据《企业破产法》第四十八条，债务人所欠职工的工资和医疗、伤残补助、抚恤费用，以及应当划入职工个人账户的基本养老保险、基本医疗保险费用，在破产财产分配中优先于普通债权受偿。因此，即使公司进入破产程序，仍需优先支付员工工资等权益。
     
   • 经济补偿：若破产导致劳动合同终止，根据《劳动合同法》第四十四条、第四十六条，公司需向员工支付经济补偿（按工作年限计算，每满一年支付一个月工资）。
     
   • 员工安置：若公司申请重整或和解，可能需与员工协商调整劳动关系（如降薪、轮岗等），但需符合《劳动合同法》相关规定，不得损害员工合法权益。
     

总结：员工在职的公司能否办理破产手续，关键在于是否满足破产原因及法定程序，而非员工是否在职。员工在职状态仅影响破产程序中的具体权益安排（如工资支付、经济补偿等），但不影响破产申请的合法性。若公司符合破产条件，可依法申请破产，并在程序中依法保护员工权益。

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