股东给公司汇款超过三年，需根据款项性质及法律规定来处理，核心结论如下：

1. 若款项为股东借款

   • 诉讼时效问题：根据《民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。若股东与公司之间就该笔款项存在借款关系，且未约定还款期限，则诉讼时效自股东要求公司还款而公司拒绝之日起算；若已约定还款期限，则诉讼时效自还款期限届满之日起算。若超过三年诉讼时效，股东可能丧失胜诉权，但公司自愿履行的除外。
   • 建议措施：股东应尽快与公司沟通，确认款项性质及还款计划，并保留相关证据（如借款协议、转账记录、沟通记录等）。若公司拒绝还款，股东可在诉讼时效内提起诉讼，以维护自身权益。

2. 若款项为股东出资

   • 出资义务履行：若该笔款项为股东对公司的出资，且已超过公司章程或股东协议约定的出资期限，则股东可能构成出资违约。根据《公司法》及相关司法解释，股东未按期足额缴纳出资的，除应当向公司足额缴纳外，还应当向已按期足额缴纳出资的股东承担违约责任。
   • 建议措施：股东应尽快与公司及其他股东沟通，确认出资情况，并尽快完成出资义务。若因特殊原因无法按时出资，应与公司及其他股东协商延期出资或调整出资方案，并签订相关协议以明确各方权利义务。

3. 若款项性质不明

   • 款项性质确认：若股东与公司之间就该笔款项的性质存在争议，且无法通过协商解决，则可能需要通过法律途径确认款项性质。这可能涉及对转账记录、公司账目、股东会决议等证据的审查和分析。
   • 建议措施：股东应收集并保留所有与该笔款项相关的证据，并咨询专业律师以评估法律风险和制定应对策略。在必要时，股东可以提起诉讼或申请仲裁以确认款项性质并维护自身权益。

无论款项性质如何，股东都应保持与公司之间的良好沟通，并尽可能通过协商解决争议。若协商无果，股东应及时咨询专业律师并考虑采取法律措施以维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。