老板注册新公司让员工代持股份，通常可能是出于以下几种目的：
隐匿实际控制人身份：老板可能出于某些原因，如避免个人声誉影响、规避特定行业监管限制或减少个人风险暴露，选择不直接作为公司股东出现在工商登记中，而是通过员工代持股份的方式，隐匿其作为公司实际控制人的身份。这种情况下，员工在名义上持有股份，但实际权益和决策权仍归老板所有。
股权激励或员工福利计划的一部分：老板可能计划将部分股份作为激励措施，给予对公司有重要贡献或潜力的员工。然而，由于各种原因（如股权结构调整、避免直接稀释自身股权等），老板可能选择先让员工代持股份，待时机成熟或满足一定条件后，再正式将股份转让给员工。这种情况下，代持股份是股权激励计划的一个过渡阶段。
规避法律或税务风险：在某些情况下，老板可能希望通过代持股份的方式，规避某些法律或税务上的限制或义务。例如，某些地区可能对特定行业的外资持股比例有限制，老板可能通过让本地员工代持股份的方式，间接实现外资控股的目的。或者，老板可能希望通过代持股份，减少个人应缴纳的税费。但需要注意的是，这种做法往往存在法律风险，一旦被发现，可能面临法律制裁。
便于公司运营和管理：在某些情况下，老板可能认为让员工代持股份有助于公司的运营和管理。例如，员工代持股份后，可能更加积极地参与公司的决策和经营活动，为公司的发展贡献力量。或者，老板可能希望通过代持股份的方式，保持公司股权结构的灵活性，便于未来进行股权调整或融资等活动。
重要提醒：代持股份涉及复杂的法律关系和权益分配问题，如果处理不当，可能引发纠纷和法律风险。因此，如果你或你身边的人涉及代持股份的情况，建议务必谨慎对待，并咨询专业律师的意见，以确保自身权益得到妥善保护。如果你有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。