核心前提：厂房因特定法律原因被查封，但当事人仍希望保留或行使使用权。
结论与详细分析：
查封的性质与影响：
- 查封是司法机关为保障诉讼或执行目的，对涉案财产采取的限制性措施。查封后，厂房的所有权虽未转移，但其处分权（如转让、抵押）和部分使用权可能受到限制。
- 使用权受限的具体表现：通常，查封期间，厂房不得擅自转让、出租或设定其他权利负担。但使用权是否完全丧失，需根据查封裁定书的具体内容及查封目的来判断。
保留使用权的合法途径：
- 申请解封或部分解封：若查封错误或查封目的已达成（如债务已清偿），可向法院申请解封。若查封财产价值远超债务，可申请部分解封，保留必要的使用空间。
- 与查封机关协商：在查封期间，可与查封机关（如法院）沟通，说明使用厂房的必要性（如维持生产经营、减少损失等），争取获得临时使用许可。
- 提供担保置换查封物：若因债务纠纷导致查封，可提供其他等值财产作为担保，请求法院置换查封物，从而恢复厂房的使用权。
非法行使使用权的法律后果：
- 若未经查封机关同意，擅自使用或处分查封财产，可能构成妨碍民事诉讼的行为，面临罚款、拘留等司法制裁。
- 若因此给债权人造成损失，还可能承担民事赔偿责任。
实际操作建议：
- 查阅查封裁定书：首先明确查封的具体原因、范围及期限，以便针对性地采取措施。
- 及时沟通：与查封机关保持密切联系，及时了解查封进展及可能的解封条件。
- 准备证据材料：如需申请解封或部分解封，应准备充分的证据材料，证明解封的必要性及可行性。
- 咨询专业律师：在处理此类复杂法律问题时，建议咨询具有丰富实务经验的律师，以确保合法权益得到有效维护。
总结：厂房被查封后，使用权是否受限及如何保留，需根据查封的具体情况及法律规定来判断。在合法合规的前提下，可通过申请解封、与查封机关协商或提供担保等方式，争取恢复或保留厂房的使用权。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。