机关单位不认医院的病假条，是否违法需分情况讨论：

1. 若医院病假条真实有效且符合规定：

   • 机关单位不认可，可能构成违法。根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》以及相关劳动法律法规，员工因病需要休息时，有权凭医院出具的病假条向单位申请病假。如果医院出具的病假条是真实有效的，且符合相关医疗规定，机关单位无正当理由不认可，就可能侵犯了员工的合法权益。
   • 法律建议：员工可以先与机关单位进行沟通，了解不认可的具体原因，并尝试提供更多证明材料或解释。如果沟通无果，员工可以向劳动监察部门投诉，或者通过劳动仲裁、诉讼等法律途径维护自己的权益。

2. 若医院病假条存在瑕疵或不符合规定：

   • 机关单位不认可，则可能不构成违法。例如，病假条上的诊断与员工实际病情不符，或者病假条的开具程序存在违规等。在这种情况下，机关单位有权对病假条的真实性、有效性进行核实，并有权不认可存在瑕疵的病假条。
   • 法律建议：员工应确保医院病假条的真实性和有效性，遵守相关医疗规定和程序。如果病假条确实存在问题，员工应积极与医院沟通，重新开具符合规定的病假条，或者提供其他有效的医疗证明。

3. 机关单位有内部规定且合理合法：

   • 如果机关单位有内部规定，要求员工在提供病假条的同时，还需提供其他相关证明材料（如病历、检查报告等），或者对病假条的审核有更为严格的程序，且这些规定是合理合法的，那么机关单位不认可仅凭医院病假条的申请，可能并不构成违法。
   • 法律建议：员工在申请病假时，应仔细了解机关单位的内部规定，并按照规定提供完整的申请材料。如果对规定有疑问或不解，可以向单位的人事部门或相关负责人咨询。

额外提醒：

• 员工在申请病假时，应确保提供的病假条和其他证明材料真实有效，避免使用伪造、变造的病假条或其他证明材料。
• 机关单位在审核病假条时，应遵循公平、公正、合理的原则，不得无故不认可员工的病假申请。

后续行动建议：

• 如果您遇到了机关单位不认可医院病假条的情况，且认为自己的权益受到了侵犯，可以先尝试与单位进行沟通协商。
• 如果沟通无果，您可以向我咨询具体的法律途径和维权策略，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。