违约金是否包括投入资金需视合同约定或法律规定而定，计算方式通常以实际损失为基础，结合合同履行情况、过错程度等因素综合确定。以下分情况说明：

1. 合同有明确约定时
   若合同中已明确约定违约金包含投入资金（如“违约方需赔偿守约方全部投入成本及预期收益”），则直接按合同条款执行。例如：

   • 合作合同中约定“若一方违约，需返还对方已投入的100万元设备采购款及20万元人工成本”，此时违约金范围明确包含投入资金。
     
   • 注意：若约定违约金过高（超过实际损失30%），违约方可依据《民法典》第585条请求法院或仲裁机构调整。

2. 合同未明确约定时
   若合同未直接说明违约金是否包含投入资金，则需根据实际损失范围判断：

   • 实际损失包括直接损失（如已支付的货款、设备租赁费）和间接损失（如预期利润）。若投入资金属于直接损失（如为履行合同购买的原材料费用），且违约行为导致该部分资金无法收回，则违约金可能涵盖投入资金。
     
   • 计算方式：以守约方实际损失为基准，结合合同履行程度（如已履行部分占比）、双方过错程度（如是否故意违约）等因素综合确定。例如：
     
     • 甲方已投入50万元采购原材料，因乙方违约导致合同无法履行，若原材料无法转售，则50万元可能被认定为实际损失，违约金可能包含该部分。
       
     • 若甲方已使用部分原材料完成部分生产，则需扣除已利用部分的价值，仅赔偿剩余损失。

3. 法律限制与例外

   • 违约金上限：根据《民法典》第585条，违约金不得过分高于实际损失（通常以损失的30%为参考）。若约定违约金包含投入资金但远超实际损失，违约方可主张调减。
     
   • 惩罚性违约金：仅在法律明确规定或合同特别约定（如定金条款）时适用，一般违约金以补偿性为主，不鼓励通过违约金获利。

建议：

• 签订合同时，建议明确约定违约金范围（如“违约金=已投入资金×XX%+预期利润损失”），避免争议。
  
• 若发生纠纷，需收集投入资金的凭证（如发票、付款记录）、合同履行证据（如交货单、沟通记录）等，以证明实际损失。
  

如有具体合同条款或案例细节，可进一步向我咨询，我会结合实际情况为您分析。