结论：在破产程序中，重整方案若包含以物抵债的清偿方式，是可以申请法院裁定的，但需满足一定条件并遵循法定程序。

一、法律依据与程序要求

根据《中华人民共和国企业破产法》的相关规定，重整计划草案应当包括债务人的经营方案、债权分类、债权调整方案、债权受偿方案等内容。其中，债权受偿方案可以包括以物抵债等清偿方式。在重整计划草案制定完成后，债务人或者管理人应当向人民法院和债权人会议提交重整计划草案，并由债权人会议进行表决。若重整计划草案获得债权人会议通过，或者虽未通过但经债务人申请，人民法院认为符合法定条件的，可以裁定批准重整计划。

二、以物抵债清偿方式的合法性

以物抵债作为债权受偿的一种方式，在破产重整程序中是合法的。但需要注意的是，以物抵债的清偿方式必须公平、公正，且不得损害其他债权人的利益。具体来说，以物抵债的财产应当经过评估，确保其价值与所抵偿的债务相当。同时，以物抵债的清偿方式也应当遵循债权人会议的表决程序，确保所有债权人的知情权、参与权和表决权得到充分保障。

三、申请法院裁定的条件与流程

1. 条件：

   • 重整计划草案已经制定完成，并包含了以物抵债的清偿方式；
   • 重整计划草案已经获得债权人会议的通过，或者虽未通过但经债务人申请，人民法院认为符合法定条件；
   • 以物抵债的清偿方式公平、公正，且不损害其他债权人的利益。

2. 流程：

   • 债务人或者管理人向人民法院和债权人会议提交重整计划草案；
   • 债权人会议对重整计划草案进行表决；
   • 若重整计划草案获得通过，或者虽未通过但经债务人申请，人民法院认为符合法定条件的，裁定批准重整计划；
   • 人民法院裁定批准重整计划后，重整计划即具有法律效力，债务人应当按照重整计划的规定执行以物抵债的清偿方式。

四、可能面临的法律风险与应对措施

在破产重整程序中采用以物抵债的清偿方式，可能面临一些法律风险，如以物抵债的财产价值评估不准确、以物抵债的清偿方式损害其他债权人利益等。为应对这些风险，债务人或者管理人应当采取以下措施：

• 委托专业的评估机构对以物抵债的财产进行评估，确保评估结果准确、公正；
• 在制定重整计划草案时，充分考虑所有债权人的利益，确保以物抵债的清偿方式公平、合理；
• 在债权人会议表决前，充分披露以物抵债的清偿方式及其可能带来的影响，确保所有债权人的知情权得到充分保障；
• 若因以物抵债的清偿方式引发争议或诉讼，及时寻求法律援助，维护自身合法权益。

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