挂靠工程款非法所得的处理主要涉及行政处罚、刑事责任及民事责任三个方面，具体如下：

1. 行政处罚：

   • 没收违法所得：挂靠方通过挂靠行为获得的利润，以及被挂靠方收取的管理费等，均被视为违法所得，将被依法全部没收。这是对挂靠行为最直接的经济制裁，旨在剥夺其非法利益。
   • 罚款：被挂靠单位将面临责令改正、没收违法所得，并处罚款的处罚。罚款额度可能涉及工程合同价款的2%至4%，具体根据违法情节的严重程度而定。挂靠方虽无直接法规规定罚款，但实践中通常参照对被挂靠方的罚款幅度进行处罚。
   • 其他行政处罚：包括停业整顿、降低资质等级、吊销资质证书以及限制投标资格等。这些处罚措施旨在限制被挂靠企业的市场活动能力，防止其继续从事违法挂靠行为。

2. 刑事责任：

   • 若挂靠行为导致重大安全事故，造成人员伤亡或重大财产损失，将触犯《中华人民共和国刑法》中的工程重大安全事故罪。根据《刑法》第一百三十七条，直接责任人员可能面临五年以下有期徒刑或拘役，并处罚金；后果特别严重者，将处五年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。这一规定体现了法律对挂靠行为可能引发的严重后果的严厉打击。

3. 民事责任：

   • 合同无效：挂靠行为导致的建设工程施工合同无效。合同无效后，应返还因合同取得的财产；不能返还或无需返还的，应折价补偿。这意味着挂靠方和被挂靠方可能因合同无效而面临经济损失。
   • 赔偿损失：挂靠行为给建设单位造成损失的，挂靠方与被挂靠方需承担连带赔偿责任。这包括但不限于工程质量不合格造成的修复费用、工期延误损失等。这一规定旨在保护建设单位的合法权益，确保其因挂靠行为遭受的损失能够得到充分赔偿。

法律建议：

鉴于挂靠工程款非法所得可能面临的严重法律后果，我强烈建议所有从事工程建设活动的单位和个人严格遵守相关法律法规，避免参与任何形式的挂靠行为。如需合作或分包工程，应选择合法途径和方式，如通过正规招标、投标程序选择有资质的合作伙伴，确保工程的顺利进行及自身合法权益的保护。

如有任何关于婚姻家庭、合同纠纷或建设工程领域的法律问题，欢迎直接向我咨询，我将竭诚为您提供专业、全面的法律服务。