关于农村灌溉水源回填淤泥是否合法的问题，这并非一个简单的“合法”或“不合法”的判断，而是需要依据具体情况和相关法律法规来综合分析。以下是我从不同角度为你提供的详细解答：

1. 从土地管理法的角度：

   • 根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，任何单位和个人不得侵占、买卖或者以其他形式非法转让土地。同时，使用土地的单位和个人必须按照土地利用总体规划确定的用途使用土地。
   • 如果回填淤泥的行为改变了土地的原用途，比如将灌溉水源地变为建设用地或其他非农业用途，且未经相关部门批准，那么这种行为很可能是违法的。
   • 另外，如果回填淤泥导致土地质量下降，影响了土地的可持续利用，也可能违反土地管理法的相关规定。

2. 从环境保护法的角度：

   • 《中华人民共和国环境保护法》规定，一切单位和个人都有保护环境的义务。排放污染物应当符合国家规定和地方标准，并采取有效措施防治环境污染。
   • 回填淤泥如果含有有害物质，或者回填过程中未采取有效措施防止污染，导致水源、土壤等环境要素受到污染，那么这种行为将违反环境保护法的相关规定。

3. 从水资源保护的角度：

   • 灌溉水源是农业生产的命脉，也是水资源的重要组成部分。如果回填淤泥的行为影响了灌溉水源的水质、水量或水流方向，从而影响了农业灌溉或周边生态环境，那么这种行为可能违反水资源保护的相关规定。

4. 实际操作中的合法性判断：

   • 在实际操作中，判断回填淤泥是否合法，还需要考虑当地的具体政策、规划以及回填淤泥的来源、性质、回填方式等因素。
   • 如果回填淤泥是经过相关部门批准，且符合土地利用规划、环境保护要求和水资源保护规定，那么这种行为是合法的。
   • 反之，如果未经批准或不符合相关规定，那么这种行为就是违法的，可能会面临法律责任。

建议：

• 如果你打算进行灌溉水源回填淤泥的操作，建议先咨询当地土地管理部门、环保部门或水利部门，了解相关政策和规定，确保操作合法合规。
• 如果已经进行了回填淤泥的操作，且担心可能存在违法风险，建议尽快与相关部门沟通，说明情况并寻求解决方案。

总结：农村灌溉水源回填淤泥的合法性并非一概而论，而是需要依据具体情况和相关法律法规来综合分析。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律意见。