结论前置：您不是公司注册股东，仅持有合作协议的情况下，是否有义务偿还公司债务，这主要取决于合作协议的具体内容、公司的性质以及债务的性质。以下我将从多个角度为您详细分析。
一、合作协议的内容
合作协议中的债务承担条款：
- 如果合作协议中明确约定了您对公司债务的承担方式，比如您需要承担部分或全部债务，那么您就需要按照协议约定来履行义务。
- 如果合作协议中没有明确约定债务承担方式，或者约定不明确，那么您通常不需要直接承担公司债务，除非有其他法律规定或特殊情况。
合作协议的法律效力：
- 合作协议是您与公司之间设立、变更、终止民事关系的协议，只要协议内容合法、双方自愿，就具有法律效力。
- 如果合作协议存在违法或显失公平的情况，可能被认定为无效或可撤销，但这需要具体案件具体分析。
二、公司的性质
有限责任公司：
- 在有限责任公司中，股东以其认缴的出资额为限对公司承担责任。如果您不是公司注册股东，那么您通常不需要对公司债务承担个人责任。
- 但是，如果您作为实际控制人或存在其他特殊情况（如滥用公司法人独立地位和股东有限责任逃避债务），可能需要对公司债务承担连带责任。
合伙企业：
- 在合伙企业中，合伙人通常需要对合伙企业债务承担无限连带责任。如果您是合伙企业的合伙人（即使不是注册股东），那么您可能需要承担合伙企业债务。
- 但如果您只是与合伙企业有合作关系，并非合伙人，那么您通常不需要承担合伙企业债务。
三、债务的性质
公司正常经营债务：
- 如果公司债务是正常经营过程中产生的，比如采购原材料、支付员工工资等，那么通常由公司自身承担。
- 您作为非股东合作方，除非有特殊约定或法律规定，否则不需要承担这些债务。
非法债务或个人债务：
- 如果公司债务是非法产生的，比如非法集资、诈骗等，那么这些债务不受法律保护，您更不需要承担。
- 如果债务实际上是某个股东或管理人员的个人债务，与公司无关，那么您也不需要承担。
四、特殊情况与建议
实际控制人或关联交易：
- 如果您被认定为公司的实际控制人，或者存在与公司的关联交易导致公司利益受损的情况，那么您可能需要对公司债务承担一定责任。
- 在这种情况下，建议您咨询专业律师，了解具体法律责任和应对策略。
合作协议纠纷解决：
- 如果与合作方在债务承担方面存在纠纷，您可以首先尝试通过协商解决。
- 如果协商不成，您可以考虑通过诉讼或仲裁等法律途径解决纠纷。
总结与建议：您不是公司注册股东，仅持有合作协议的情况下，是否有义务偿还公司债务取决于多个因素。建议您仔细审查合作协议内容、了解公司性质和债务性质，并在必要时咨询专业律师以获取更具体的法律建议。如果您有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。