在合同纠纷中，本诉和反诉合并审理时，互付款项是可以折抵的。以下从不同角度对此问题进行详细分析：
一、法律依据与原则
根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，当本诉和反诉合并审理时，法院会综合考虑双方当事人的诉讼请求和事实理由，进行统一裁判。在裁判过程中，如果双方当事人互负债务，且债务的标的物种类、品质相同的，任何一方可以将自己的债务与对方的到期债务抵销。这一原则体现了民事诉讼中的公平、公正和效率原则，有助于简化诉讼程序，减少当事人的诉累。
二、折抵的条件与程序
债务性质：互付款项折抵的前提是双方债务均为金钱债务，且债务性质相同，如均为合同之债。如果债务性质不同，如一方为金钱债务，另一方为非金钱债务（如交付货物、提供服务等），则不能直接进行折抵。
债务到期：折抵的债务必须均已到期。如果一方债务尚未到期，另一方要求折抵的，法院通常不会支持。
债务无争议：双方对债务的存在和金额均无争议。如果一方对债务的存在或金额有异议，需要先通过诉讼或仲裁等方式解决争议，确认债务的具体情况后，再进行折抵。
程序要求：在合并审理过程中，当事人可以在法庭辩论终结前提出折抵请求。法院在审理过程中，会主动审查双方当事人的债务情况，如果符合折抵条件，会依法进行折抵。
三、实际操作中的注意事项
明确诉讼请求：在本诉和反诉中，当事人应明确各自的诉讼请求，包括要求对方支付的金额、支付方式等。这有助于法院在审理过程中准确判断双方债务情况，为折抵提供依据。
提供证据支持：当事人应提供充分的证据证明双方债务的存在和金额。这包括合同、发票、付款凭证等。证据的充分性和真实性对于法院判断债务情况至关重要。
关注法院裁判：在合并审理过程中，当事人应密切关注法院的裁判情况。如果法院认为双方债务符合折抵条件，会在裁判文书中明确折抵的金额和方式。当事人应按照裁判文书的要求履行义务。
四、可能的风险与防范
债务性质不符风险：如果双方债务性质不同，如一方为借款，另一方为货款，则不能直接进行折抵。此时，当事人应分别主张权利，通过诉讼或仲裁等方式解决争议。
债务到期风险：如果一方债务尚未到期，另一方要求折抵的，法院可能不会支持。此时，当事人可以协商延长债务履行期限或采取其他方式解决争议。
证据不足风险：如果当事人提供的证据不足以证明双方债务的存在和金额，法院可能无法进行折抵。因此，当事人在诉讼过程中应注重证据的收集和整理工作。
综上所述，本诉和反诉合并审理时互付款项是可以折抵的，但需要满足一定的条件和程序要求。当事人在诉讼过程中应明确诉讼请求、提供证据支持、关注法院裁判，并防范可能的风险。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。