政府采购合同中存在大量罚款条款时，应首先审查这些条款的合法性、合理性及可操作性，并根据审查结果采取相应措施，包括协商修改、寻求法律救济或履行合同但保留权利等。以下是对此问题的详细分析：

1. 审查罚款条款的合法性：

   • 根据《中华人民共和国政府采购法》及相关法律法规，政府采购合同应当遵循公平、公正、公开的原则，且合同条款不得违反法律、行政法规的强制性规定。
   • 罚款条款若违反法律法规的强制性规定，如设定过高的罚款数额、罚款条件不合法等，则这些条款可能被视为无效。

2. 评估罚款条款的合理性：

   • 罚款条款应当与违约行为的性质、情节及后果相适应，不得显失公平。
   • 若罚款条款过于严苛，超出合理范围，可能构成对供应商的不公平对待，供应商有权提出异议并要求修改。

3. 考虑罚款条款的可操作性：

   • 罚款条款应当明确具体，包括罚款的数额、计算方式、支付时间等，以便双方能够准确理解和执行。
   • 若罚款条款模糊不清或难以执行，可能导致合同争议和纠纷，影响合同的顺利履行。

4. 采取相应措施：

   • 协商修改：若罚款条款存在合法性、合理性或可操作性问题，供应商可以与采购人协商修改合同条款，以达成双方都能接受的解决方案。
   • 寻求法律救济：若协商无果，供应商可以向相关政府部门投诉或提起诉讼，请求确认罚款条款无效或要求调整罚款数额。
   • 履行合同但保留权利：在罚款条款未被确认无效或调整前，供应商应继续履行合同义务，但可以保留追究采购人违法责任的权利，并在适当时候采取法律行动。

建议：在处理政府采购合同中的罚款条款时，供应商应仔细审查合同条款，确保其合法、合理且可操作。若发现问题，应及时与采购人沟通协商，寻求解决方案。若协商无果，可寻求法律救济以保护自身合法权益。如有具体法律问题，可直接向我咨询。