针对主管运用违规车辆的情况，需根据具体违规性质及后果，分情况处理：

1. 若违规行为涉及行政违法（如使用无牌、套牌、报废车辆等）

   • 法律后果：根据《道路交通安全法》第九十条至九十六条，主管作为直接责任人可能面临罚款（200-2000元）、扣分、暂扣或吊销驾驶证等处罚；若车辆属于单位所有，单位可能被处以警告或罚款（500-2000元），并需承担车辆被扣留、强制报废等后果。
     
   • 处理建议：立即停止使用违规车辆，配合交警部门调查，主动补办手续或报废车辆；若单位存在管理疏漏，需完善车辆管理制度，明确责任分工，避免再次发生类似问题。

2. 若违规行为涉及刑事犯罪（如使用盗窃车辆、伪造证件等）

   • 法律后果：根据《刑法》第二百六十四条（盗窃罪）、第二百八十条（伪造证件罪）等，主管可能面临三年以下有期徒刑、拘役或管制，并处罚金；若单位明知车辆违规仍使用，可能构成共同犯罪或单位犯罪，需承担刑事责任。
     
   • 处理建议：立即向公安机关报案，配合调查并如实陈述事实；若单位涉及犯罪，需主动配合司法机关调查，积极退赃、赔偿损失，争取从轻处理；同时加强内部合规审查，避免类似风险。

3. 若违规行为导致交通事故或损害他人权益

   • 法律后果：根据《民法典》第一千二百零九条，主管作为车辆使用人需承担侵权责任（如赔偿医疗费、财产损失等）；若单位存在过错（如未尽管理义务），需承担连带责任。
     
   • 处理建议：立即救助伤者、保护现场，并报警处理；主动与受害方协商赔偿事宜，或通过保险理赔减少损失；若单位涉及责任，需完善车辆使用审批流程，明确使用人责任，避免后续纠纷。

总结：主管运用违规车辆的法律后果取决于违规性质及后果严重程度，可能涉及行政处罚、刑事责任或民事赔偿。建议立即停止违规行为，配合相关部门调查，并根据具体情况采取补救措施；单位需加强车辆管理，明确责任分工，避免类似风险。如有进一步疑问，可直接向我咨询。