公司以绩效考核为由跨年度扣工资，在大多数情况下是不合法的。下面我将从几个方面详细解释这个问题：

1. 法律依据：

   • 根据《工资支付暂行规定》第十五条，用人单位不得克扣劳动者工资。除非有特定情况，如代扣代缴个人所得税、社会保险费用等，否则用人单位无权擅自扣减劳动者工资。

2. 绩效考核与工资扣减的合法性：

   • 绩效考核是用人单位对劳动者工作表现的一种评价方式，通常与奖金、晋升机会等挂钩。
   • 如果用人单位以绩效考核为由扣减劳动者基本工资，且未事先在劳动合同或相关规章制度中明确约定，那么这种扣减行为很可能构成违法。

3. 跨年度扣工资的特殊性：

   • 跨年度扣工资意味着用人单位在劳动者完成工作的下一年度甚至更长时间后才进行工资扣减。
   • 这种做法不仅违反了及时支付工资的原则，还可能对劳动者的经济生活造成不必要的影响。

4. 合法扣减工资的情形：

   • 用人单位与劳动者在劳动合同中明确约定了绩效工资的扣减规则，并且该规则不违反法律法规的强制性规定。
   • 绩效考核过程公开透明，考核结果客观公正，且扣减工资的比例和幅度合理。
   • 扣减后的工资不得低于当地最低工资标准。

5. 劳动者的权益保护：

   • 如果用人单位违法扣减劳动者工资，劳动者有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求用人单位补发工资并承担相应的法律责任。

综上所述，公司以绩效考核为由跨年度扣工资，在大多数情况下是不合法的。如果劳动者遇到此类情况，应及时咨询专业律师，了解自己的权益并采取相应的法律措施来维护自己的合法权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。