结论：公司仅有劳动合同扫描件而员工主张未签合同的情况下，公司可以通过提供其他证据来证明劳动合同的存在及内容，或者通过法律途径解决争议。同时，公司应反思并加强合同管理，以避免类似纠纷。以下是对此问题的详细分析：
一、证据效力与举证责任
扫描件的证据效力：
- 扫描件作为电子数据的一种形式，其证据效力在法律上并非绝对无效，但相较于原件，其证明力可能受到一定影响。根据《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》，电子数据存在下列情形的，人民法院可以确认其真实性，但有足以反驳的相反证据的除外：由当事人提交或者保管的于己不利的电子数据；由记录和保存电子数据的中立第三方平台提供或者确认的；在正常业务活动中形成的；以档案管理方式保管的；以当事人约定的方式保存、传输、提取的。因此，如果扫描件符合上述条件，且没有相反证据反驳，其可能被法院采信。
举证责任分配：
- 在劳动争议中，通常遵循“谁主张，谁举证”的原则。如果员工主张未签合同，那么员工需要承担初步的举证责任，即提供证据证明其与公司之间未签订书面劳动合同。然而，如果公司主张已签订合同，但仅能提供扫描件，那么公司也需要提供其他证据来佐证扫描件的真实性，如合同签订过程中的邮件往来、短信通知、员工在合同上的签字确认过程等。
二、公司可能的应对策略
提供其他证据：
- 公司可以积极寻找并提供与劳动合同相关的其他证据，如员工入职时的登记表、工资发放记录、社保缴纳记录、工作证、考勤记录等，这些证据可以间接证明员工与公司之间存在劳动关系，并可能佐证劳动合同的存在及内容。
申请司法鉴定：
- 如果公司对扫描件的真实性有充分信心，且员工对扫描件提出质疑，公司可以考虑申请司法鉴定，以确认扫描件与原件的一致性。然而，司法鉴定需要一定的时间和费用，且结果并不总是对公司有利。
协商解决：
- 在争议发生后，公司可以尝试与员工进行协商，寻求和解或调解。通过协商，双方可以达成一致意见，避免法律纠纷的进一步升级。
三、法律后果与风险提示
未签合同的双倍工资风险：
- 根据《劳动合同法》的规定，如果公司未与员工签订书面劳动合同，员工有权要求公司支付未签合同期间的双倍工资。因此，如果公司无法证明已签订合同，可能面临支付双倍工资的法律风险。
合同管理的重要性：
- 此次纠纷也提醒公司应加强合同管理，确保劳动合同的签订、保管和归档等环节符合法律规定。公司可以建立完善的合同管理制度，明确合同签订、履行、变更和解除等流程，以降低法律风险。
建议：公司在面对此类纠纷时，应积极应对，提供充分证据证明劳动合同的存在及内容。同时，公司也应反思并加强合同管理，以避免类似纠纷的再次发生。如果公司在此过程中遇到法律难题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。