公司与离职的法定代表人签订的离职补偿协议，在符合法律规定且不存在无效情形时，是有效的。以下从多个角度对此问题进行分析：

一、协议有效的基本条件

1. 双方意思表示真实：离职补偿协议的签订必须是双方真实意思的表示，不存在欺诈、胁迫等情形。如果法定代表人是在被欺诈或胁迫的情况下签订的协议，那么该协议可能因意思表示不真实而无效。

2. 内容合法合规：协议内容必须符合法律法规的规定，不得违反法律、行政法规的强制性规定，也不得违背公序良俗。例如，协议中约定的补偿金额不得过高或过低，以免构成显失公平或恶意串通损害公司利益。

3. 签订程序合法：协议的签订程序也必须合法，包括但不限于双方签字盖章、见证或公证等。如果签订程序存在瑕疵，可能会影响协议的效力。

二、可能影响协议效力的特殊情形

1. 法定代表人权限问题：虽然法定代表人有权代表公司签订合同，但如果其在离职后仍以公司名义签订协议，且未经公司授权或追认，那么该协议可能因无权代理而无效。不过，如果公司事后对协议进行了追认，或者法定代表人离职后仍被授权处理相关事宜，那么协议仍然可能有效。

2. 协议内容涉及公司利益：如果离职补偿协议的内容涉及公司重大利益，如公司资产、股权等，那么该协议的签订可能需要经过公司股东会或董事会的决议。未经决议通过，协议可能因损害公司利益而无效。

3. 存在恶意串通情形：如果法定代表人与公司其他股东或高管恶意串通，通过签订离职补偿协议来损害公司或其他股东的利益，那么该协议可能因恶意串通而无效。

三、法律建议

1. 审查协议内容：在签订离职补偿协议前，公司应仔细审查协议内容，确保协议合法合规，且不存在损害公司利益的情形。

2. 完善签订程序：公司应确保协议的签订程序合法，包括双方签字盖章、见证或公证等。如果可能的话，可以邀请律师参与协议的起草和签订过程，以确保协议的合法性和有效性。

3. 及时追认或授权：如果法定代表人在离职后仍以公司名义签订协议，公司应及时进行追认或授权，以避免协议因无权代理而无效。

4. 寻求法律帮助：如果公司对离职补偿协议的效力存在疑问，或者遇到相关法律纠纷，应及时寻求专业律师的帮助，以便更好地维护自身权益。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。