本诉与反诉互付款项在符合法定条件时，是可以在判决时进行抵销的。以下从多个角度对此问题进行详细分析：

一、法律背景与依据

在合同纠纷中，当本诉与反诉的双方当事人互负债务，且这些债务的标的物种类、品质相同的，任何一方都可以将自己的债务与对方的到期债务抵销。这是基于《中华人民共和国民法典》的相关规定，该法允许当事人在符合法定条件时行使抵销权，以简化债务关系，提高纠纷解决效率。

二、抵销的条件

1. 双方互负债务：即本诉的原告和被告之间，以及反诉的原告（即本诉的被告）和反诉的被告（即本诉的原告）之间，都存在明确的债务关系。
2. 债务标的物种类、品质相同：抵销的债务必须是同一种类的债务，比如都是金钱债务，或者都是特定物的债务，且品质相同。如果种类或品质不同，则不能直接抵销，除非双方协商一致。
3. 债务均已到期：抵销的债务必须都已经到了履行期限。如果一方债务尚未到期，则不能主张抵销，除非对方同意提前履行。
4. 不属于不得抵销的债务：根据法律规定或当事人约定，某些债务可能不得抵销，如因故意侵权产生的债务、按照法律规定不得抵销的债务等。

三、抵销的效力与判决

1. 抵销的效力：一旦抵销条件成就，当事人一方可以主张抵销，抵销后，双方相应的债权债务关系即告消灭。
2. 判决中的抵销：在诉讼过程中，如果双方都主张抵销，且抵销条件成就，法院可以在判决中直接确认抵销的效力，并据此作出相应的判决。这样，既简化了诉讼程序，又提高了纠纷解决的效率。

四、实际操作中的注意事项

1. 及时主张抵销：当事人在诉讼过程中，如果发现符合抵销条件，应及时向法院提出抵销主张，并提供相关证据。
2. 注意抵销的期限：抵销权的行使可能受到一定期限的限制，当事人应在法定期限内行使抵销权。
3. 协商与调解：在诉讼过程中，双方也可以尝试通过协商或调解的方式达成抵销协议，以更快速地解决纠纷。

五、案例说明

假设在一个合同纠纷中，本诉的原告（A）要求被告（B）支付货款10万元，而B则反诉要求A支付违约金8万元。如果双方都同意抵销，且抵销条件成就（即双方互负债务、债务标的物种类品质相同、债务均已到期、且不属于不得抵销的债务），那么法院可以在判决中确认抵销的效力，判决A向B支付2万元（10万元-8万元）。

综上所述，本诉与反诉互付款项在符合法定条件时，是可以在判决时进行抵销的。如果您在合同纠纷中遇到类似问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。