您好，关于发票由哪个部门开具的问题，这主要取决于具体的发票类型和开具场景，但通常情况下，发票是由税务机关或者其指定的代开机构进行开具的。以下是一些详细解释和归纳：
一、一般发票的开具
自行开具：对于一般纳税人和小规模纳税人，在发生增值税应税行为时，如果具备自行开具发票的条件（如已领取发票领购簿、已安装税控装置等），则可以自行开具发票。这种情况下，发票的开具责任主要由纳税人自身承担，但开具的发票仍需符合税务机关的规定和要求。
税务机关代开：对于不符合自行开具发票条件或者需要开具特定类型发票（如增值税专用发票）的纳税人，可以向主管税务机关申请代开。税务机关在审核纳税人的申请材料后，会按照规定的格式和内容代为开具发票。这种情况下，发票的开具责任由税务机关承担。
二、特定场景下的发票开具
代开增值税普通发票：对于符合代开条件的单位和个人（如不能自开增值税普通发票的小规模纳税人销售其取得的不动产，以及其他个人出租不动产等），可以向主管税务机关申请代开增值税普通发票。这一流程明确规定了申请条件、设定依据、办理材料、办理地点、办理机构等关键信息，其中办理机构即为主管税务机关。
特殊情况下的发票开具：在某些特殊情况下，如收购单位和扣缴义务人支付个人款项时，或者国家税务总局认为其他需要由付款方向收款方开具发票的，可以由付款方向收款方开具发票。但这种情况并不改变发票开具的基本原则，即发票的开具仍需符合税务机关的规定和要求。
三、发票开具的法律依据
发票的开具和管理受到《中华人民共和国发票管理办法》及其实施细则的严格规范。这些法规明确了发票的印制、领购、开具、保管、检查等各个环节的具体要求和责任主体，确保了发票开具的合法性和规范性。
四、总结与建议
综上所述，发票的开具通常由税务机关或者其指定的代开机构进行。对于纳税人而言，在开具发票时应严格遵守税务机关的规定和要求，确保发票的真实性和合法性。如果您在发票开具过程中遇到任何问题或疑问，建议及时咨询主管税务机关或专业税务人士以获取准确和可靠的解答。