多年合作未开发票的行为确实存在违法风险，具体分析如下：

1. 从税务合规角度
   根据《中华人民共和国发票管理办法》第十九条，销售商品、提供服务或从事其他经营活动的单位和个人，在收取款项时应当向付款方开具发票。若合作双方长期未开具发票，可能涉嫌偷逃税款（如未申报收入、未缴纳增值税等），税务机关可依据《税收征收管理法》第六十三条追缴税款、加收滞纳金，并处以罚款；情节严重的可能构成逃税罪（《刑法》第二百零一条）。

2. 从合同履行角度
   若合作协议中明确约定了开具发票的义务（如“付款后XX日内开具增值税专用发票”），未履行该义务可能构成违约。付款方有权依据《民法典》第五百七十七条要求对方继续履行（补开发票）、赔偿损失（如因无法抵扣税款导致的额外税负），甚至解除合同。

3. 从证据效力角度
   发票是证明交易真实性的重要凭证。若未开具发票，合作双方可能面临举证困难：

   • 付款方：难以证明款项性质（如借款、货款、服务费等），可能被认定为“不当得利”需返还；
     
   • 收款方：若对方否认合作事实，可能因缺乏书面证据而无法主张债权。

建议行动：

• 若您是付款方：可书面催告对方补开发票，并保留催告记录；若对方拒绝，可向税务机关举报（拨打12366）或通过诉讼主张权利。
  
• 若您是收款方：应立即补开发票并补缴税款，避免行政处罚；若因客观原因无法补开（如已注销），需与对方协商签订补充协议，明确交易性质及金额。
  

风险提示：长期未开发票可能引发连锁反应，如税务稽查、合作方追责等，建议尽快规范财务流程。如有具体案件细节，可直接向我咨询进一步分析。