三方合同只有两方签了，在一般情况下是不生效的。以下从多个角度对此问题进行详细分析：
一、法律依据与合同成立条件
根据《中华人民共和国民法典》第四百九十条的规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。对于三方合同而言，这意味着需要三方共同签署才能满足法定成立要件。若仅有两方签字，则未达成“各方均签署”的法定标准，导致合同在法律上处于不成立状态，因此通常不生效。
二、三方合同的特殊性质
主体关联性：三方合同涉及三方权利义务的交织，每一方的权利和义务都与其他方紧密相关。例如，在一份三方合作协议中，可能涉及资金提供方、项目执行方和监督方，每一方的角色和责任都是不可或缺的。若缺少任意一方的签字，将导致权利义务失衡，合同难以有效执行。
履行依赖性：三方合同常存在连环履约机制，即一方的履行依赖于另一方的履行。例如，在一份供应链合同中，供应商的供货义务可能依赖于物流方的运输服务，而物流方的服务又可能依赖于采购方的付款。若缺少任意一方的签字，这种履行链条将被打破，合同目的可能无法实现。
风险不可控性：未签字方可能随时主张合同无效，从而引发一系列法律风险和纠纷。例如，在一份购房合同中，若中介未签字，可能引发佣金支付争议；在一份技术合作协议中，若技术提供方未签字，可能导致技术转让和使用权无法明确界定。
三、特殊情况下的生效可能性
尽管三方合同通常需要三方签字才能生效，但也存在一些特殊情况使得仅有两方签字的合同可能生效：
事实履行：在签名、盖章或者按指印之前，当事人一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同成立。若三方合同中仅有两方签字，但三方已经按照合同内容开始实际履行各自的义务，并且各方对这种履行行为没有异议，那么可能被认定为合同已经生效。但这种情况较为特殊，且需要满足严格的条件。
约定生效条件：如果三方在合同中明确约定了特殊的生效条件（如资金到位、项目审批通过或某一方完成特定准备工作），那么即使只有两方签字，只要满足了这些约定的生效条件，合同也可能被视为有效。但这种情况需要严格依据合同中的具体约定来判断。
四、法律建议
确保三方签字：为了确保三方合同的有效性和可执行性，建议各方在签订合同时务必确保三方都签字或盖章。这是最直接、最有效的方式，可以避免后续可能出现的法律纠纷。
明确约定生效条件：如果由于特殊原因无法确保三方同时签字，可以在合同中明确约定特殊的生效条件。但需要注意的是，这些条件必须合法、合理且可操作，以免引发新的纠纷。
保留相关证据：在合同签订和履行过程中，各方应妥善保管相关证据（如签字页、盖章文件、履行凭证等），以备不时之需。这些证据在后续可能出现的法律纠纷中将起到至关重要的作用。
及时咨询专业律师：如果对三方合同的生效条件或履行过程中可能出现的法律问题存在疑问，建议及时向我咨询。我可以根据具体情况提供专业的法律意见和解决方案。
综上所述，三方合同只有两方签了，在一般情况下是不生效的。但为了确保合同的有效性和可执行性，建议各方在签订合同时务必确保三方都签字或盖章，并明确约定生效条件和保留相关证据。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。