将已有合格商品条码的商品，使用店内条码予以替换、覆盖，属于违法行为。以下是对此问题的详细分析：

1. 法律规定：

   • 根据《内蒙古自治区商品条码管理办法》的相关规定，已经标注商品条码的商品，销售者应当直接使用，不得另行编制店内条码或者利用店内条码覆盖原商品条码。这一规定明确了销售者在处理商品条码时的法律义务。

2. 违法后果：

   • 违反上述规定，由旗县级以上质量技术监督行政管理部门责令改正，并处以3000元罚款。这表明，对于使用店内条码替换或覆盖合格商品条码的行为，法律有明确的处罚措施。

3. 特殊情况说明：

   • 商品条码因质量不合格而无法识读的，销售者可以制作与该商品条码相同编码的条码标签对无法识读的商品条码予以替换、覆盖，但不得以店内条码进行替换、覆盖。这一规定说明了在特定情况下（即商品条码质量不合格时）的合法替换方式，但强调了不得使用店内条码进行替换。

4. 逻辑推导：

   • 从法律规定和违法后果可以看出，法律对于商品条码的使用有严格的要求，旨在保护商品条码的准确性和消费者权益。因此，任何未经许可的替换或覆盖行为都可能构成违法。
   • 特殊情况下的替换规定也进一步强调了这一点，即只有在特定条件下（如商品条码质量不合格）且按照特定方式（即制作相同编码的条码标签）进行替换才是合法的。

综上所述，将已有合格商品条码的商品使用店内条码予以替换、覆盖，属于违法行为。销售者应当严格遵守相关法律规定，确保商品条码的准确性和合法性。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。