结论前置：公司与员工签订的协议，若依据的文件是假的，该协议的效力会受到影响，具体是否有效需根据实际情况判断，可能无效或部分无效。以下从多个角度进行分析：
协议有效的基本条件
- 协议的有效通常要求主体合格、意思表示真实、内容合法合规以及形式符合要求。若协议所依据的文件是假的，这很可能导致协议内容不真实或违法，从而影响协议的效力。
依据假文件签订协议的法律后果
- 欺诈情形：如果公司使用假文件欺骗员工签订协议，这构成欺诈。根据《民法典》的相关规定，因欺诈订立的合同，受欺诈方有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。因此，在这种情况下，员工可以主张撤销该协议，使其自始无效。
- 违法内容：假文件可能包含违法内容，如违反劳动法律法规的强制性规定。如果协议内容违法，那么该协议自始无效，不受法律保护。例如，协议中约定员工放弃社会保险权益或公司不承担工伤赔偿责任等条款，均因违法而无效。
协议部分无效的情形
- 有时候，协议可能部分基于假文件，而其他部分则是真实且合法的。在这种情况下，协议可能部分无效。即，基于假文件的部分无效，而真实合法的部分仍然有效。这需要根据具体情况进行判断，并可能涉及复杂的法律解释和适用问题。
实际操作中的建议
- 审查文件真实性：在签订协议前，员工应仔细审查公司提供的所有文件，确保其真实性和合法性。如果发现文件有假，应拒绝签订协议，并及时向相关部门举报。
- 咨询专业意见：如果员工已经签订了基于假文件的协议，并担心其效力问题，建议咨询专业律师。律师可以根据具体情况提供法律意见，并帮助员工采取适当的法律措施来维护自己的权益。
举例说明：
- 假设公司使用伪造的营业执照与员工签订劳动合同，并约定了低于最低工资标准的薪酬。在这种情况下，由于营业执照是假的，且薪酬条款违法，因此该劳动合同自始无效。员工可以主张撤销该合同，并要求公司支付应得的工资和赔偿。
法律背景与建议：
- 根据《民法典》的相关规定，因欺诈、胁迫或乘人之危订立的合同，受损害方有权请求撤销。同时，违反法律、行政法规的强制性规定的合同无效。因此，在签订协议时，双方应确保文件的真实性和合法性，以避免潜在的法律风险。
可能法律后果：
- 如果协议被认定无效或部分无效，公司可能需要承担法律责任，包括支付员工应得的工资、赔偿员工因此遭受的损失等。同时，公司还可能面临行政处罚或刑事责任，具体取决于违法行为的性质和严重程度。
综上所述，公司与员工签订的协议若依据的文件是假的，其效力会受到影响。员工在签订协议前应仔细审查文件真实性，并在发现问题时及时咨询专业律师以维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。