结论概述：您作废别人用您营业执照开的发票，可能面临税务行政处罚、民事赔偿责任，甚至刑事责任，具体取决于作废发票的原因、情节及后果。以下是对这些可能后果的详细分析：
一、税务行政处罚
违规作废发票的处罚：
- 根据《中华人民共和国发票管理办法》的相关规定，如果作废发票的行为被认定为违规，税务机关有权对您进行行政处罚。处罚措施可能包括罚款，罚款金额根据违规情节的严重程度而定，可能从几百元到数万元不等。
税务稽查与调查：
- 税务机关在发现您作废发票的行为后，可能会启动税务稽查程序，对您的财务和税务情况进行全面调查。这可能会涉及到您公司的账目、交易记录等敏感信息，给您的正常经营带来一定干扰。
二、民事赔偿责任
对交易对方的赔偿责任：
- 如果您作废的发票是对方用于报销、抵扣税款等合法用途的，您的行为可能导致对方无法正常使用发票，从而遭受经济损失。在这种情况下，对方有权要求您承担民事赔偿责任，赔偿其因发票作废而遭受的损失。
对第三方的影响：
- 如果您的作废发票行为影响了其他第三方的合法权益，如导致第三方无法按时获得应得的款项或服务，您也可能需要承担相应的民事赔偿责任。
三、刑事责任（在极端情况下）
涉嫌犯罪的情形：
- 如果您作废发票的行为被认定为故意为之，且情节严重，如涉及大量发票、多次作废、造成重大经济损失等，可能构成犯罪。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，您可能面临刑事指控，如虚开发票罪、诈骗罪等。
刑事责任的后果：
- 如果被认定有罪，您将面临刑事处罚，包括有期徒刑、拘役、罚金等。这不仅会对您的个人声誉和自由造成严重影响，还可能对您的职业生涯和家庭生活带来不可逆转的损害。
四、建议与措施
立即与税务机关沟通：
- 如果您已经作废了别人用您营业执照开的发票，建议您立即与当地税务机关取得联系，说明情况并寻求指导。税务机关会根据您的具体情况给出相应的处理建议。
积极配合调查与处理：
- 在税务机关进行调查时，您应积极配合，提供必要的账目、交易记录等证据材料。这有助于税务机关更准确地了解情况，并作出公正的处理决定。
加强内部管理：
- 为了避免类似情况再次发生，您应加强公司内部的财务管理和发票管理制度。确保发票的开具、使用和作废都符合相关法律法规的规定。
咨询专业律师：
- 如果您对作废发票的法律后果存在疑问或担忧，建议您咨询专业律师。作为专注于公司法务领域的律师，我可以为您提供专业的法律意见和帮助，确保您的合法权益得到保障。
总之，作废别人用您营业执照开的发票可能带来严重的法律后果。因此，在处理此类问题时，请务必谨慎行事，并遵循相关法律法规的规定。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。