在盗窃罪中，当实物灭失时，数量的认定确实是一个复杂且关键的问题，它直接关系到定罪量刑的准确性。以下是对这一问题的详细解答：
一、数额认定的基本原则
首先，我们需要明确的是，盗窃罪的数额认定是依据最高人民法院、最高人民检察院《关于办理盗窃刑事案件适用法律若干问题的解释》来进行的。该解释为不同数额的盗窃行为设定了明确的定罪量刑标准，即盗窃公私财物价值一千元至三千元以上、三万元至十万元以上、三十万元至五十万元以上的，应分别认定为“数额较大”“数额巨大”“数额特别巨大”。
二、实物灭失时数量的认定方法
当盗窃的实物已经灭失，无法直接进行数量或价值的评估时，我们可以采取以下几种方法进行认定：
依据有效价格证明：
- 如果被盗财物有有效的价格证明，如购买发票、收据等，那么我们可以根据这些证明来认定财物的价值，进而推算出盗窃的数量（如果财物是按数量计价的）。
委托估价机构估价：
- 如果被盗财物没有有效的价格证明，或者证明不合理，那么我们可以委托专业的估价机构对财物进行估价。估价机构会根据财物的种类、品质、市场行情等因素，给出一个合理的估价结果，作为认定盗窃数额的依据。
参照同类财物市场价格：
- 对于一些常见、易流通的财物，如手机、电脑等，我们可以参照市场上同类财物的价格来认定被盗财物的价值。这种方法适用于那些没有有效价格证明，且估价机构难以准确估价的财物。
考虑特殊情形的认定：
- 对于一些特殊物品，如邮票、纪念币、黄金、白银等贵重金属及其制品、珍贵文物等，它们的价值可能不仅仅取决于市场价格，还可能受到其稀有性、历史价值等因素的影响。因此，在认定这些财物的价值时，我们需要根据相关规定进行核定或委托专业机构进行鉴定。
三、注意事项
在认定盗窃数额时，我们还需要注意以下几点：
- 保护被害人权益：对于价格证明不明确的财物，我们应遵循就高不就低的原则进行认定，以确保被害人的权益得到充分保护。
- 综合考虑多种因素：盗窃罪的数额认定是一个复杂而细致的过程，我们需要综合考虑财物的种类、品质、市场行情、作案时间、地点等多种因素。
- 严格依法处理：在实际操作中，我们必须严格按照法律法规和司法解释的规定进行处理，确保公正、准确地认定盗窃数额。
综上所述，当盗窃罪中的实物灭失时，我们可以通过依据有效价格证明、委托估价机构估价、参照同类财物市场价格以及考虑特殊情形的认定等方法来认定盗窃的数量或价值。同时，我们还需要注意保护被害人的权益、综合考虑多种因素以及严格依法处理等问题。