在驾驶员与车主不是同一人的情况下，保险公司赔偿的签字主体需根据具体情形确定，通常由实际领取赔偿款或办理理赔手续的一方签字，可能是车主，也可能是驾驶员，具体如下：

1. 若理赔流程由车主主导办理
   当车主作为保险合同的投保人及被保险人，亲自向保险公司申请理赔（例如车辆损失险、第三者责任险等），且赔偿款直接支付给车主时，应由车主签字确认。此时车主作为合同相对方，对理赔金额、责任认定等核心事项具有直接利益关联，签字行为代表其对理赔结果的认可。

2. 若驾驶员经车主授权代办理赔
   若车主因客观原因（如异地、身体不便等）无法亲自处理理赔，且通过书面授权委托驾驶员代为办理，此时驾驶员可代车主签字，但需提供车主签署的授权委托书、车主及驾驶员身份证明等材料。保险公司会重点审核授权真实性，确保签字行为合法有效。

3. 若赔偿涉及驾驶员人身损害（如车上人员责任险）
   当保险事故导致驾驶员受伤，需通过“车上人员责任险”获赔时，由驾驶员本人签字。因该险种保障的是驾驶员的人身权益，赔偿款直接支付给驾驶员，其签字行为体现对自身权益的确认。

4. 特殊情形：驾驶员与车主存在雇佣/劳务关系
   若驾驶员受车主雇佣（如货车司机、家庭司机），且事故发生在执行工作任务期间，根据《民法典》第1192条，车主作为雇主可能需承担赔偿责任。此时若车主已为车辆投保相应险种，理赔签字主体仍需根据上述规则确定（如车辆损失由车主签字，驾驶员人身损害由驾驶员签字），但最终赔偿款可能根据雇主责任划分实际流向。

温馨提示：为避免纠纷，建议车主与驾驶员在事故发生后及时沟通理赔流程，明确签字主体及授权范围；若涉及复杂责任划分（如多方事故、酒驾等），可进一步向我咨询具体法律适用问题。