文件废止通常发生在以下几种情况，下面我将结合具体案例为您详细解释：

一、与现行法律、法规、规章相抵触

当文件的主要内容与现行有效的法律、法规、规章存在不一致或相抵触的情况时，该文件可能会被废止。例如，在云南省水利厅的清理工作中，《云南省水利厅行政复议工作暂行规定(试行)》因与云南省行政复议体制改革实施方案相抵触，自2021年7月1日起，云南省行政复议职责集中至省、州(市)、县(市、区)人民政府，政府部门不再承担行政复议职责，因此该规定被废止。

二、所依据的法律、法规、规章已废止或失效

如果文件所依据的法律、法规、规章已经被废止或失效，那么该文件也失去了其存在的法律基础，可能会被废止。例如，在清理过程中，如果发现某文件的主要制定依据已经废止，且该文件没有其他有效的法律支撑，那么该文件就可能会被废止。

三、与政策措施相抵触

当文件的内容与当前的政策措施，如优化营商环境、转变政府职能、生态环境保护等方面的政策相抵触时，该文件也可能会被废止。例如，《云南省开发建设项目水土保持生态环境监测管理暂行办法》因与国家政策相抵触，有关规定不符合中央“放管服”改革精神和要求，且其制定依据的上位法已修订，规定的主要内容已被国家标准和水利部相关文件替代，因此被废止。

四、适用期已过或调整对象已消失

对于一些具有时效性或针对特定对象的文件，如果其适用期已经过去或者调整的对象已经消失，那么该文件实际上已经失效，也可能会被宣布废止。例如，如果某文件是针对某一特定时期的财政扶持政策制定的，当该时期过去后，该文件就可能会被废止。

五、文件内容不适应经济社会发展要求

随着经济社会的发展，一些文件的内容可能已经不再适应当前的社会环境和发展需求，这时也可能会对该文件进行废止或修改。例如，在清理过程中，如果发现某文件的内容已经明显不适应当前的经济社会发展要求，且没有修改的必要或可能性，那么该文件就可能会被废止。

总结：文件废止是一个复杂而严谨的过程，需要综合考虑多个因素。在清理工作中，相关部门会严格按照法律、法规和政策要求，对文件进行逐一审查，确保废止的文件符合废止条件，以保障政令畅通，提高行政规范性文件的严肃性和有效性。