针对您提出的“集体土地上的违法建筑物被没收后怎么处理”的问题，这是一个涉及土地管理、法律法规和行政执法的综合性问题。以下是我为您提供的详细解答：
一、处理原则
对于集体土地上的违法建筑物被没收后的处理，应遵循法律法规的规定，综合考虑建筑物的实际情况、对土地利用规划的影响以及社会公共利益，确保处理方式的合理性和合法性。
二、具体处理方式
依法拆除
- 情形：若没收建筑物严重违反土地利用规划，如占用基本农田保护区进行非农建设，或对国家土地资源合理利用及保护造成重大阻碍，或对生态环境、公共安全存在潜在且难以消除的威胁，相关部门将依法进行拆除。
- 法律依据：根据《中华人民共和国土地管理法》第八十三条，责令限期拆除非法占用土地上新建的建筑物和其他设施，逾期不拆除的，由作出处罚决定的机关依法申请人民法院强制执行。
保留使用
- 情形与条件：当没收建筑物拆除会造成资源巨大浪费或对社会公共利益不利时，如已投入使用的公共服务设施、工业厂房等，经相关部门评估和审批，可允许保留使用。
- 处理方式：
- 补办手续：责任人需按规定补办用地审批等手续，缴纳罚款和土地出让金等，使建筑物合法化。符合土地利用总体规划的建筑物，在补办手续后可继续合法使用。
- 临时使用：特殊情况下暂时无法或不适合拆除的违法建筑物，可批准在一定期限内临时使用，期间需遵守相关规定并逐步整改。
- 法律依据：根据《中华人民共和国城乡规划法》第六十四条，未取得或未按建设工程规划许可证建设的，可采取改正措施或限期拆除；无法采取改正措施的，除限期拆除外，还可没收实物或违法收入，并处以罚款。
其他特殊处理方式
- 迁移：对于具有特殊历史文化价值或建筑艺术价值的违法占地建筑物，若可通过迁移解决对土地利用规划的影响，相关部门会组织迁移至符合要求的新地点进行保护和利用。
- 改造：根据具体情况对建筑物进行改造，使其符合规划和法律法规要求，如将住宅改造为商业用房或公共服务设施。
- 法律依据：若违法占地建筑物被认定为文物建筑，需依据《中华人民共和国文物保护法》的相关规定进行处理，如使用不可移动文物需遵守不改变文物原状的原则，并负责保护安全。
三、综合管理与处置
- 管理主体：违法占地没收的建筑物由作出没收决定的机关依法管理和处置。
- 处置方式：不需拆除且符合规划和用途要求的建筑物，可能由政府安排使用或拍卖等处置，所得款项上缴国库。
- 地方差异：具体处理办法可能因地方政策、法规不同而有所差异，需结合当地实际情况进行。
- 法律原则：处理过程中必须严格遵循法定程序和相关规定，确保公正、合法、合理地管理和处置没收建筑物。
四、建议与提醒
- 对于集体土地上的违法建设行为，应提前了解相关法律法规和政策要求，避免违法建设带来的法律风险和经济损失。
- 若已存在违法建筑物，建议尽快与相关部门沟通，了解处理方式和补救措施，以减少损失和影响。
- 在处理过程中，如遇到复杂情况或疑问，建议咨询专业的法律顾问或律师，以获取更详细和专业的建议。
综上所述，集体土地上的违法建筑物被没收后的处理方式需根据建筑物的实际情况、对土地利用规划的影响以及相关法律法规来决定。希望以上解答能对您有所帮助。