关于机关食堂的营业执照（或更具体地说，是食品经营许可证，因为食堂主要涉及食品经营）的办理问题，这通常取决于食堂的运营模式和合同约定。不过，根据一般的法律原则和实际操作情况，我可以给出以下详细解答：

首先，需要明确的是，机关食堂如果由机关自身运营，那么自然是以机关作为申请人来办理食品经营许可证。这是因为机关作为食堂的运营主体，需要承担相应的食品安全责任和管理责任。

然而，在实际情况中，很多机关食堂会选择外包给专业的餐饮公司来运营。在这种情况下，食品经营许可证的办理就需要分情况讨论：

1. 如果合同中明确约定由乙方（即承包经营的餐饮公司）负责办理食品经营许可证：

   • 那么乙方需要按照相关法律法规的要求，以自身的名义向当地市场监督管理部门申请办理食品经营许可证。
   • 乙方在办理过程中，需要提供自身的营业执照、与食品经营相适应的主要设备设施布局、具有保证食品安全的管理制度目录等申请材料。
   • 办理成功后，乙方将持有食品经营许可证，并负责食堂的日常运营和食品安全管理。

2. 如果合同中未明确约定或约定由甲方（即机关）负责办理食品经营许可证：

   • 理论上，甲方作为食堂的产权所有者或管理方，也可以作为申请人来办理食品经营许可证。
   • 但实际上，由于食堂的日常运营和食品安全管理通常由乙方负责，因此更常见的做法是甲方协助乙方办理相关手续，或者要求乙方以甲方的名义（但实际操作中这可能涉及复杂的法律和责任问题，因此并不常见）或双方共同名义（这同样不常见）来办理。
   • 更合理的做法是，在合同中明确约定由乙方负责办理食品经营许可证，并承担相应的责任和义务。

综合建议：

• 在签订承包合同时，机关和餐饮公司应明确约定食品经营许可证的办理责任和义务。
• 通常情况下，由承包经营的餐饮公司（乙方）负责办理食品经营许可证更为合理和高效。
• 无论由谁办理，都需要确保食堂的运营符合相关法律法规的要求，保障食品安全和消费者的健康权益。

此外，虽然您提到的是“营业执照”，但在食堂运营的语境下，更关键的是“食品经营许可证”。因为营业执照是企业合法经营的凭证，而食品经营许可证则是针对食品经营活动的特定许可。如果食堂的运营涉及到食品的销售、加工等，那么就必须办理食品经营许可证。