核心结论：已经结清款项却仍收到逾期短信，您可按以下步骤处理：
核实还款记录与短信内容
首先确认您是否确实已全额结清欠款（包括本金、利息、违约金等），并保留还款凭证（如转账记录、结清证明、银行流水等）。同时核对短信内容，确认发送方是否为原债权人或正规催收机构，避免误认诈骗信息。若短信内容存在威胁、辱骂等违法行为，可直接向公安机关报案。
联系发送方要求停止骚扰并澄清事实
若确认短信来自原债权人或其委托的催收方，您应立即通过官方渠道（如客服电话、官方邮箱）联系对方，提供还款凭证，要求其核实账户状态并停止发送错误信息。根据《民法典》第1032条，自然人享有隐私权，任何组织或个人不得以电话、短信等方式侵扰他人私人生活安宁。若对方拒不改正，您可主张其承担侵权责任。
向征信机构申请异议处理（如涉及征信记录）
若逾期短信导致您的征信记录出现错误（如显示“未结清”或“逾期状态”），您可向中国人民银行征信中心或相关征信机构提出异议申请。根据《征信业管理条例》第25条，征信机构应在收到异议后20日内核查并处理，若确认信息有误，应立即更正。您需提供还款凭证作为证据，以推动征信记录修正。
保留证据并考虑法律途径维权
若对方持续发送骚扰短信，或因错误信息导致您名誉受损、贷款受阻等实际损失，您可保存所有相关证据（短信截图、通话录音、还款凭证等），向法院提起民事诉讼，要求对方停止侵害、赔礼道歉并赔偿损失。若对方行为涉嫌违反《治安管理处罚法》第42条（如多次发送淫秽、侮辱、恐吓信息），您还可向公安机关报案，追究其行政责任。
温馨提示：处理此类问题时，务必保持冷静，避免与对方发生言语冲突，所有沟通均通过书面或可留痕的方式进行，以便后续维权。若您需要进一步协助，可直接向我咨询，我将为您提供更具体的法律指导。