租赁合同不可以分别制作两张内容不同的合同，仅对其中一张进行备案。以下是详细分析：

1. 合同备案的法定性与唯一性
   根据《商品房屋租赁管理办法》第十四条，房屋租赁合同订立后三十日内，当事人应向房地产管理部门办理登记备案。备案的目的是通过行政手段确认合同效力、保障交易安全，并作为后续权益主张的依据。因此，备案的合同必须是双方真实意思表示的完整载体，若存在两份内容不同的合同（如租金、期限等条款不一致），可能涉嫌“阴阳合同”，违反法律强制性规定。

2. “阴阳合同”的法律风险
   若当事人为规避税费、租金管制等目的，制作两份合同（如一份备案用低租金，另一份实际履行高租金），可能面临以下后果：

   • 行政处罚：税务机关可依据《税收征收管理法》对偷逃税行为追缴税款、加收滞纳金，并处以罚款；
     
   • 合同无效风险：根据《民法典》第一百五十四条，恶意串通损害国家利益的合同无效，双方可能无法依据合同主张权利；
     
   • 民事纠纷：若发生租金争议，法院可能以备案合同为准认定租金标准，导致实际履行方利益受损。

3. 合规操作建议

   • 统一合同内容：备案合同与实际履行合同应完全一致，避免条款冲突；
     
   • 补充协议备案：若需变更合同条款（如租金调整），应签订补充协议并重新备案，而非制作两份独立合同；
     
   • 留存证据：保留合同履行过程中的沟通记录、付款凭证等，以证明实际履行情况与备案合同一致。

总结：租赁合同备案需遵循“真实性、唯一性”原则，制作两份内容不同的合同并仅备案其中一份可能引发法律风险。若您有进一步疑问或需具体操作指导，可直接向我咨询。