逾期代扣工资是否合法，需视具体情况而定，关键在于用人单位的规章制度、代扣的合法性及合理性。以下从多个角度进行详细分析：
合法情况
规章制度合法且明确：
- 用人单位必须依法制定规章制度，明确将逾期（如未按时完成工作任务、未按时到岗等，具体需结合规章制度内容）列为违纪行为，并规定合理的代扣工资标准。
- 规章制度的制定需经过职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定，并进行公示或告知劳动者。若规章制度合法且明确规定了逾期代扣工资的情形，且该制度已向员工公示或告知，则用人单位在员工逾期时按照制度代扣工资，是合法的。
代扣金额合理：
- 代扣的金额不能过高，应确保扣除后的工资不低于当地最低工资标准。根据《工资支付暂行规定》，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。因此，在逾期代扣工资时，用人单位需确保代扣金额在合理范围内。
存在合法代扣事由：
- 员工因自身原因（如故意拖延、疏忽大意等）导致逾期，且不存在不可抗力等合理免责事由时，用人单位方可在合理范围内代扣工资。例如，员工因个人原因未按时完成工作任务，导致公司遭受经济损失，公司根据规章制度代扣部分工资作为赔偿，是合法的。
不合法情况
规章制度不合法或未公示：
- 若用人单位的规章制度制定程序不合法（如未与职工协商、未公示等），或规章制度内容违法（如代扣标准过高，损害劳动者基本权益），则对劳动者不具有法律约束力。此时，用人单位逾期代扣工资的行为是不合法的。
代扣金额不合理：
- 若代扣金额过高，导致员工工资低于当地最低工资标准，或扣除比例明显不合理，超出法定限制，则用人单位逾期代扣工资的行为是不合法的。
存在合理免责事由：
- 若员工因不可抗力（如自然灾害、交通堵塞等）或其他合理原因导致逾期，用人单位仍代扣工资，则属于不合法行为。例如，员工因突发疾病无法按时到岗，且已及时向公司说明情况，公司仍代扣工资，是不合法的。
劳动者权益保护
- 若劳动者认为用人单位逾期代扣工资的行为不合法，首先应与用人单位进行沟通协商，要求其纠正错误做法。
- 协商不成时，劳动者可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在投诉或申请仲裁时，劳动者需提供相关证据（如规章制度、工资条、沟通记录等）以支持自己的主张。
总结来说，逾期代扣工资的合法性需综合考虑规章制度、代扣标准及特殊情况等多个因素。用人单位应确保规章制度的合法性与合理性，并在代扣工资时充分考虑员工的合法权益与实际情况。若劳动者对用人单位的代扣行为有异议，应及时寻求法律途径解决。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。