处理专利纠纷的方式主要有以下几种：
协商解决：
- 这是首选方式，双方通过自行沟通，就停止侵权行为、赔偿损失等问题达成一致解决方案。协商解决灵活便捷，成本低，且能保持友好关系，有利于后续合作。然而，若分歧较大，可能难以取得实质性进展。
请求管理专利工作的部门调解或处理：
- 当事人可请求当地管理专利工作的部门介入，进行调解或认定侵权并作出处理决定。这种方式具备专业知识和行政权力，处理程序简便快捷，费用较低，处理决定具有权威性。但若处理结果不完全满足双方期望，或赔偿数额确定不够精准，不服处理决定则需通过行政诉讼等程序解决。
仲裁（适用于有仲裁协议的情况）：
- 双方可事先或事后达成仲裁协议，将纠纷提交给选定的仲裁机构进行裁决。仲裁程序灵活，可选择仲裁员，专业性强，保密性好，能保护商业秘密，且裁决具有终局性。不过，仲裁费用相对较高，且纠错机制有限，对选择仲裁机构和仲裁员的能力要求高。
诉讼（法律保障最严格的方式）：
- 向有管辖权的人民法院提起民事诉讼，通过司法程序解决纠纷。诉讼具有权威性和公正性，法院的判决具有普遍的法律效力，且能追究侵权人的刑事责任（情节严重时）。但诉讼程序复杂漫长，耗费时间、精力和费用，且诉讼结果存在不确定性，可能涉及二审等程序。
在选择处理专利纠纷的方式时，应综合考虑纠纷的性质、双方的意愿与实际情况，选择最适合的处理方式。若您在处理专利纠纷过程中遇到任何问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供针对性的帮助。