政府部门与民营企业签订合同后，若发生纠纷，民营企业是可以起诉政府的。以下从多个角度对此问题进行详细分析：

一、法律基础与原则

1. 平等原则：在民事法律关系中，政府作为民事主体与民营企业签订合同，双方地位平等，均应遵循合同约定，履行各自义务。若政府未履行或未完全履行合同义务，民营企业有权依据合同约定及法律规定，要求政府承担违约责任。
2. 依法行政原则：虽然政府在行政管理中享有特权，但在民事合同关系中，政府必须依法行事，不得滥用行政权力损害民营企业合法权益。若政府违反合同约定，民营企业同样有权通过法律途径维护自身权益。

二、起诉政府的法律依据

1. 《中华人民共和国民法典》：该法明确了民事主体之间的合同关系及违约责任。若政府部门与民营企业签订的合同属于民事合同范畴，且政府存在违约行为，民营企业可依据《民法典》的相关规定，向法院提起诉讼，要求政府承担违约责任。
2. 《中华人民共和国行政诉讼法》：虽然该法主要规范行政诉讼，但若政府部门在合同履行过程中存在行政行为违法或不当，且该行为直接影响了民营企业的合法权益，民营企业亦可依据《行政诉讼法》的相关规定，向法院提起行政诉讼，要求政府纠正违法行为并赔偿损失。不过，在纯粹的民事合同纠纷中，通常更侧重于适用《民法典》的相关规定。

三、起诉政府的实践操作

1. 确定管辖法院：民营企业应根据合同约定或法律规定，确定具有管辖权的法院。通常，合同纠纷由被告住所地或合同履行地法院管辖。
2. 准备诉讼材料：民营企业应准备充分的诉讼材料，包括合同文本、履行证据、损失证明等，以证明政府存在违约行为及自身因此遭受的损失。
3. 提起诉讼：民营企业应向法院提交起诉状及相关证据材料，并按照法院要求缴纳诉讼费用。法院在受理案件后，将依法进行审理并作出判决。

四、注意事项与风险提示

1. 合同性质认定：在起诉政府前，民营企业应首先明确合同的性质。若合同属于行政合同（如政府采购合同、特许经营合同等），则可能涉及行政诉讼程序；若合同属于民事合同，则应按照民事诉讼程序进行。不过，在大多数情况下，政府部门与民营企业签订的合同更倾向于被认定为民事合同。
2. 证据收集与保存：民营企业应注重证据的收集与保存工作。在合同履行过程中，应妥善保管与合同相关的所有文件、记录及通信等证据材料。这些证据将在后续诉讼中发挥关键作用。
3. 法律风险评估：在起诉政府前，民营企业应进行充分的法律风险评估。考虑到政府的特殊地位及可能存在的行政干预等因素，民营企业应谨慎评估诉讼的可行性及可能面临的法律风险。

总结来说，政府部门与民营企业签订合同后，若发生纠纷，民营企业是有权起诉政府的。在起诉过程中，民营企业应遵循法律程序，准备充分的诉讼材料，并注重证据的收集与保存工作。同时，也应进行充分的法律风险评估，以制定合理的诉讼策略。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。