结论前置：非法侵占1000元，在大多数情况下，法院不会直接以刑事案件立案，但可能面临行政处罚或民事责任。具体是否立案及后续处理，需结合侵占的具体情形和法律规定来判断。

详细分析：

1. 刑事立案标准：

   • 非法侵占行为，若构成犯罪，通常指的是职务侵占罪或侵占罪。对于职务侵占罪，根据《中华人民共和国刑法》第二百七十一条的规定，需达到“数额较大”的标准才构成犯罪。而“数额较大”的起点，根据相关司法解释，一般为6万元（具体标准可能因地区而异，但1000元远低于此标准）。因此，非法侵占1000元，通常不构成职务侵占罪，法院不会以刑事案件立案。
   • 对于侵占罪，根据《中华人民共和国刑法》第二百七十条的规定，将代为保管的他人财物非法占为己有，数额较大，拒不退还的，或者将他人的遗忘物或者埋藏物非法占为己有，数额较大，拒不交出的，才构成侵占罪。同样，1000元的数额也通常达不到“数额较大”的标准，因此也不构成侵占罪。

2. 行政处罚可能性：

   • 虽然非法侵占1000元不构成刑事犯罪，但这种行为可能违反了治安管理规定。根据《中华人民共和国治安管理处罚法》的相关规定，对于盗窃、诈骗、哄抢、抢夺、敲诈勒索或者故意损毁公私财物的行为，可以处以行政拘留和罚款。非法侵占行为，在治安管理范畴内，可能会被认定为类似的侵犯公私财物的行为，从而受到行政处罚。具体是否会处罚，需由公安机关根据案件的具体情况，如行为人的主观恶意、是否存在其他情节等进行综合判断。

3. 民事责任承担：

   • 非法侵占行为，无论是否构成刑事犯罪，都可能对受害者造成财产损失。受害者有权通过民事途径追究侵占者的责任，要求其赔偿损失。这是基于民法对财产权保护的原则，侵占者应对其侵权行为承担相应的法律责任。

建议与行动指南：

• 如果您是受害者，遇到非法侵占行为，首先应及时向当地的公安机关报案，说明情况，并提供尽可能多的证据和线索。虽然可能不构成刑事犯罪，但公安机关可以依法进行调查处理，并可能给予侵占者行政处罚。
• 同时，您也可以考虑通过民事途径追讨损失，如起诉侵占者要求赔偿。在民事维权过程中，收集相关证据至关重要，这些证据应能证明您的权益受到了侵害以及损失的具体数额。
• 如果您是侵占者，或者担心自己可能涉及非法侵占行为，建议立即停止相关行为，并主动与受害者协商解决，以避免可能的法律后果。

综上所述，非法侵占1000元在大多数情况下不会构成刑事犯罪，法院不会直接以刑事案件立案。但侵占者可能面临行政处罚或民事责任。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。