结论：限额以上乡镇工程建设完工三年后又招标进行屋顶防雨改造是否合法，需结合具体情况判断，主要从招标程序合法性、改造必要性及合规性、是否存在利益冲突或违规操作等角度进行分析。以下为详细分析：
一、招标程序合法性
招标流程合规性：
- 若此次屋顶防雨改造工程属于必须招标的项目范围（如达到一定规模标准），且招标人按照《中华人民共和国招标投标法》及相关规定，履行了完整的招标程序，包括发布招标公告、编制招标文件、组织开标、评标、定标等，且整个过程公开、公平、公正，无违规操作，则此次招标是合法的。
招标主体资格：
- 招标人需具备相应的招标资格，如为政府或其授权的部门、事业单位、国有企业等，且该工程属于其职责范围或经批准的项目。若招标主体不具备相应资格，或工程不属于其职责范围，则招标可能不合法。
二、改造必要性及合规性
改造必要性：
- 若屋顶防雨改造是基于工程实际需要，如原屋顶存在漏水、损坏等问题，影响工程使用功能或安全，且改造是必要的、合理的，则此次招标及改造是合法的。
- 若改造并非基于实际需要，而是出于其他目的（如增加工程量、获取更多利益等），则可能涉及违规操作，不合法。
合规性审查：
- 改造工程需符合相关规划、设计、施工等规范和标准，且需经过相关部门审批或备案。若改造工程未履行相关审批手续或不符合规范标准，则可能不合法。
三、是否存在利益冲突或违规操作
利益冲突：
- 若招标人、投标人或其他相关方在招标过程中存在利益冲突，如招标人与投标人存在关联关系、投标人之间存在串通投标等行为，则此次招标可能不合法。
违规操作：
- 若招标过程中存在违规操作，如泄露招标信息、操纵评标结果、虚假投标等行为，则此次招标同样不合法。
四、特殊情况考虑
- 工程变更或追加：若原工程在完工后，因设计变更、使用功能调整等原因，需要增加屋顶防雨改造工程，且该变更或追加工程经过合法程序审批，并符合相关规范标准，则此次招标及改造是合法的。
- 紧急情况处理：若屋顶因突发情况（如自然灾害、事故等）导致严重损坏，需要紧急进行防雨改造，且招标人采取了紧急招标程序（如邀请招标、竞争性谈判等），并符合相关法律法规规定，则此次招标及改造也是合法的。
建议：若您对限额以上乡镇工程建设完工三年后又招标进行屋顶防雨改造的合法性存在疑问，建议您从上述角度进行审查，并咨询当地相关部门或专业律师以获取更准确的法律意见。如有具体法律问题，欢迎直接向我咨询。