针对政府工程设计费超付款的情况，核心处理方式需依据合同约定、法律规定及实际履行情况综合判断，具体可分为以下几种情形：

1. 若合同明确约定了设计费支付上限，且实际支付超过该上限

   • 法律性质：属于违约行为，政府方（发包人）可能构成“超付”，设计方（承包人）构成“不当得利”。
     
   • 处理方式：
     
     • 协商返还：双方可协商退还超额部分，并签订补充协议明确退款金额、时间及方式。
       
     • 法律途径：若协商不成，政府方可依据《民法典》第985条（不当得利返还）向法院起诉，要求设计方返还超额款项。
       
     • 审计追责：若涉及财政资金，政府审计部门可能介入，要求设计方退还超付款项，并可能对相关责任人追责。
       

2. 若合同未明确约定支付上限，但实际支付超出合理范围

   • 法律性质：需结合行业惯例、设计工作量、市场价格等因素判断是否构成“显失公平”或“重大误解”。
     
   • 处理方式：
     
     • 协商调整：双方可重新核算设计费，依据实际工作量、市场价等调整支付金额，并签订补充协议。
       
     • 法律途径：若协商不成，任何一方可依据《民法典》第147条（重大误解）或第151条（显失公平）请求法院或仲裁机构变更或撤销合同条款。
       

3. 若因设计变更导致费用增加，但未履行变更程序

   • 法律性质：若合同约定设计变更需经政府方书面确认，而设计方未履行程序即增加费用，可能构成违约。
     
   • 处理方式：
     
     • 补办手续：设计方需补交变更申请，政府方审核后按实际工作量支付增加费用。
       
     • 拒绝支付：若变更未获批准，政府方可拒绝支付超额部分，并要求设计方按原合同履行。
       

建议行动步骤：

1. 核查合同条款：重点检查支付方式、变更程序、违约责任等条款。
   
2. 固定证据：保存设计图纸、变更记录、付款凭证等材料，以备后续维权。
   
3. 协商优先：通过书面函件或会议纪要形式与对方沟通，明确诉求及依据。
   
4. 法律救济：若协商无果，及时委托律师介入，通过诉讼或仲裁解决争议。
   

风险提示：政府工程涉及财政资金，处理不当可能引发审计风险或行政责任，建议谨慎处理。如有具体问题，可直接向我咨询，我会结合您的合同文本及实际情况提供进一步分析。