非营运面包车车内非法改装主要由公安机关交通管理部门和车管所进行管理。以下是对这一问题的详细分析：
管理部门及职责
公安机关交通管理部门：
- 路面执法：交警在日常巡逻和检查中，会关注车辆是否存在非法改装行为，特别是那些改变车辆结构、构造或特征的改装，如车内非法加装座椅、拆除座椅以扩大载货空间等。
- 处罚措施：一旦发现非法改装车辆上路行驶，交警有权依法扣留车辆，责令恢复原状，并根据情节轻重处以罚款。这是依据《中华人民共和国道路交通安全法》的相关规定进行的，该法明确禁止擅自改变机动车已登记的结构、构造或者特征。
车管所（属于公安机关交通管理部门的一部分）：
- 登记管理：车管所负责机动车的登记工作，包括变更登记。如果车主需要对车辆进行合法改装（如因特殊需求需要改变车内布局），应向车管所申请变更登记，并提交相关证明文件。
- 协同管理：车管所与公安机关交通管理部门共同管理非法改装车辆，确保车辆符合国家标准和规定。对于未经批准擅自改装的车辆，车管所有权拒绝办理相关手续，并要求车主恢复原状。
非法改装车辆的法律后果
- 行政处罚：非法改装车辆的车主将面临公安机关交通管理部门的行政处罚，包括警告、罚款等措施，并要求车主恢复原状。这是为了维护道路交通的安全与秩序，防止因非法改装导致的交通事故。
- 法律责任：如果非法改装车辆导致交通事故或造成其他严重后果，车主还可能承担更严重的法律责任，如民事赔偿、刑事责任等。
建议与提醒
- 合法改装：如果车主确实需要对车辆进行改装，应提前了解相关法律法规和程序，确保改装行为合法合规。可以向车管所咨询改装的具体要求和流程，并按照规定办理相关手续。
- 遵守交通法规：无论车辆是否经过改装，车主都应严格遵守交通法规，确保行车安全。非法改装车辆不仅可能面临法律处罚，还会给自身和他人的生命财产安全带来隐患。
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