当因闯红灯而发生车祸，并且车主已经垫付了相关费用时，处理这一问题需要综合考虑多个方面，以下是一个详细的处理流程和建议：
一、立即报警并保护现场
- 报警：事故发生后，应立即拨打122或110报警电话，向警方详细报告事故情况，包括事故地点、涉及车辆、人员伤亡情况等。
- 保护现场：在确保安全的前提下，尽量保持事故现场的原状，以便警方进行勘查和取证。如果现场存在危险或阻碍交通，可以设置警示标志或适当移动车辆，但需确保不破坏关键证据。
二、配合警方调查与责任认定
- 提供信息：向警方如实陈述事故发生的经过，包括自己的行驶路线、速度、是否闯红灯等关键信息。同时，提供行车记录仪视频、现场照片等证据材料，以协助警方进行责任认定。
- 责任认定：根据《中华人民共和国道路交通安全法》第七十六条的规定，公安机关交通管理部门将根据当事人的行为对发生道路交通事故所起的作用以及过错的严重程度，确定当事人的责任。闯红灯通常被视为行人的过错行为，因此可能会承担主要或全部责任。但具体责任划分需由警方根据现场情况和相关证据进行综合判断。
三、处理赔偿事宜与车主垫付费用
- 了解保险情况：确认肇事车辆的交强险和商业险投保情况，以及保险金额和赔偿范围。这将有助于确定赔偿的来源和金额。
- 协商赔偿：
- 在警方的协调下，与肇事方及其保险公司就赔偿问题进行协商。车主垫付的费用应纳入赔偿范围内进行讨论。
- 赔偿项目通常包括医疗费、误工费、护理费、交通费、住宿费、住院伙食补助费、必要的营养费等。如果构成伤残，还可能涉及残疾赔偿金、残疾辅助器具费、被扶养人生活费，以及因康复护理、继续治疗实际发生的必要康复费、护理费、后续治疗费等。
- 对于车主已经垫付的费用，应明确在赔偿协议中，由肇事方或其保险公司进行返还或抵扣。
- 签订协议：如果双方达成一致意见，可以签订赔偿协议，明确赔偿金额、支付方式和时间等条款。协议中应明确车主垫付费用的处理方式。
四、保险理赔流程
- 报案申请：及时向保险公司报案，提交事故证明、医疗单据、赔偿协议等材料，以便保险公司进行理赔审核。
- 审核赔付：保险公司将根据合同条款核定损失后，在责任限额内履行赔付义务。对于车主已经垫付的费用，保险公司可能会直接支付给车主或根据协议进行抵扣。
五、接受行政处罚与刑事责任判定（如适用）
- 交通违法处罚：闯红灯行为将受到交通管理部门的处罚，通常包括罚款和记分。具体标准由地方交通管理部门制定。
- 刑事责任判定：如果事故造成严重后果，如人员死亡或重伤，且闯红灯者负主要或全部责任，可能构成交通肇事罪。此时，闯红灯者将面临刑事责任的追究。
六、注意事项
- 保留证据：在整个处理过程中，务必保留好所有与事故相关的证据，包括现场照片、视频、证人证言、医疗费用单据、赔偿协议等。这些证据将有助于维护自己的合法权益。
- 遵守法律法规：在处理赔偿问题的同时，也要认识到自己闯红灯的行为违反了交通规则，应承担相应的法律责任。未来应严格遵守交通法规，确保自身和他人的安全。
综上所述，当因闯红灯而发生车祸且车主已经垫付费用时，应立即报警并保护现场、配合警方调查与责任认定、处理赔偿事宜与车主垫付费用、遵循保险理赔流程、接受可能的行政处罚与刑事责任判定，并注意保留证据和遵守法律法规。