结论：法院债务还清后不撤诉，一般情况下不会留下案底，但具体还需根据案件性质及后续法律程序来判断。

详细分析：

1. 案底的定义与范围：

   • 案底通常指的是个人因犯罪行为被法院判定有罪并承担刑事处罚的记录。这些记录会被保存在公安机关、司法机关的相关档案中，对个人未来生活和工作可能产生深远影响。
   • 案底主要涉及刑事犯罪行为，如盗窃、诈骗、抢劫等，这些行为会对社会造成危害并受到法律的严厉制裁。

2. 债务纠纷的法律性质：

   • 借钱不还本质上是一种民事纠纷，即债务人未按照约定履行还款义务，导致债权人权益受损。
   • 债权人可以通过法律途径追讨债务，包括向法院提起诉讼、申请强制执行等。

3. 债务还清后不撤诉的法律后果：

   • 如果债务已经还清，但债权人未撤诉，这通常不会改变案件的民事性质。法院在确认债务已清偿的情况下，可能会裁定终结诉讼或驳回债权人的诉讼请求。
   • 单纯民事债务纠纷不会留下案底：因为案底主要记录的是刑事犯罪行为，而民事债务纠纷的解决不涉及刑事责任的承担。

4. 特殊情况下的刑事责任：

   • 尽管大多数债务纠纷是民事性质的，但也有一些特殊情况可能导致刑事责任的产生。例如，如果债务人在法院判决生效后有能力执行而拒不执行，且情节严重，可能构成拒不执行判决、裁定罪，此时若被法院判定有罪并判处刑罚，就会留下案底。
   • 另外，如果借款人的行为本身涉嫌犯罪，如诈骗、非法集资等，且这些行为被公安机关立案侦查，并由检察院提起公诉，最终经法院判决有罪，同样会在借款人的个人档案中留下犯罪记录。

法律建议：

• 如果您已经还清了债务，但债权人未撤诉，建议您及时与债权人沟通，说明情况并请求其撤诉。
• 如果债权人拒绝撤诉，您可以向法院提供还款证据，请求法院裁定终结诉讼或驳回债权人的诉讼请求。
• 在任何情况下，都应尊重法院的判决结果，按时履行还款义务，以免因拒不执行而触犯刑法，给自己带来不必要的麻烦和损失。

后续行动：

• 如果您对债务纠纷的处理有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我会根据您的具体情况，提供专业的法律意见和解决方案。