结论前置：法院起诉后撤诉是否会有案底，主要取决于案件的性质、撤诉的阶段以及撤诉的具体原因。一般来说，若因没有犯罪事实或依法不追究刑事责任而撤诉，则不会留下案底；但若已构成犯罪但因特定原因（如情节轻微）而撤诉，或检察院作出酌定不起诉决定，则可能会留下相关记录。不过，这些记录并不等同于通常意义上的“案底”，即犯罪记录。

一、不构成犯罪的撤诉

1. 侦查阶段撤诉：

   • 在侦查过程中，若公安机关或其他侦查机关发现不应对犯罪嫌疑人追究刑事责任的，如案件属于误会、所谓的“犯罪行为”实际并未发生，或犯罪嫌疑人的行为情节显著轻微、危害不大且不认为是犯罪，应当撤销案件。此情况下，因未认定犯罪嫌疑人构成犯罪，故不会留下案底。

2. 审查起诉阶段撤诉：

   • 检察机关在审查起诉时，若发现犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或存在《刑事诉讼法》第十六条规定的情形（如情节显著轻微、危害不大；犯罪已过追诉时效期限等），应作出不起诉决定。对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或免除刑罚的，检察院也可作出不起诉决定。这两种不起诉决定均意味着犯罪嫌疑人不会被交付审判，因此不会有犯罪记录，即不会留下案底。但需注意，若是检察院作出的酌定不起诉决定，其不起诉决定书会存入个人档案，可能视为一种特殊记录，但这并不等同于犯罪案底。

二、构成犯罪但特殊情况撤诉

• 在某些特定的自诉案件中，若被害人与被告人达成和解协议，被害人主动撤回起诉，且犯罪事实确实存在，只是基于被害人的意愿而撤诉，严格来说行为人的行为依然构成犯罪。但由于没有经过法院的有罪判决，从通常所理解的“案底”（即犯罪记录）角度，可能不会在官方的犯罪记录档案中留下记录。然而，司法机关处理案件过程中形成的相关材料可能会有留存，这些材料主要用于司法工作的需要，并不等同于案底。

三、存在特殊记录的情况

• 即使案件撤诉没有犯罪记录，但在案件办理过程中，若发现有相关的行政违法行为并给予了行政处罚（如罚款、行政拘留等），则会留下行政处罚的记录。这种记录虽不同于犯罪案底，但也属于一种不良记录，可能对个人的未来产生一定影响，比如在申请特定行业许可证、就业等方面可能会受到一定限制。

四、案底的定义与影响

• 案底定义：案底通常指的是犯罪记录，即某人过去犯法或犯罪行为的记录。它主要基于法院的刑事审判和有罪判决来形成。
• 案底影响：案底对个人的生活、就业等方面可能产生长远影响，比如可能影响个人的信用评级、就业机会、社会声誉等。

五、建议与措施

• 了解撤诉原因：如果面临撤诉的情况，首先应了解撤诉的具体原因，以便判断是否会留下案底或相关记录。
• 咨询专业律师：虽然我作为崔瑛律师可以为你提供专业的法律咨询，但每个案件的具体情况都有所不同，因此如果你对撤诉后是否会留下案底有疑问，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况给出更详细的解答。
• 关注后续影响：即使撤诉后没有留下案底，也应关注可能存在的其他记录（如行政处罚记录）对个人未来的影响，并采取相应的措施进行应对。

综上所述，法院起诉后撤诉是否会有案底取决于多种因素。如果你对此有疑问或需要更具体的法律建议，可以直接向我咨询。