建筑工程被法院认定为合法建筑，主要依据的是其是否符合相关法律法规规定的建设程序和实体要求。以下从几个关键角度详细阐述：
建设程序合法性：
- 规划许可：建筑工程必须取得城乡规划主管部门颁发的建设工程规划许可证。这是确认建筑合法性的首要条件，未取得规划许可或违反规划许可内容进行建设的，通常会被认定为违法建筑。
- 施工许可：在取得规划许可后，还需向建设行政主管部门申请施工许可证，确保施工活动符合法定程序。未取得施工许可证擅自施工的，同样可能面临合法性挑战。
- 竣工验收：建筑工程完成后，需经过相关部门组织的竣工验收，确保工程质量符合标准。未经竣工验收或验收不合格的，其合法性也会受到影响。
实体要求合法性：
- 土地使用合法：建筑工程必须建立在合法取得的土地使用权之上，包括土地用途、面积、期限等需符合土地使用权出让合同或划拨决定书的规定。
- 建筑标准合规：建筑工程的设计、施工、材料等需符合国家及地方规定的建筑标准、安全规范等，确保建筑的安全性和适用性。
- 环保要求达标：建筑工程还需满足环保要求，如噪声、粉尘、废水等污染物的排放需符合环保标准，避免对周边环境造成不良影响。
特殊情形下的合法性认定：
- 历史遗留问题：对于因历史原因形成的无证建筑，法院在认定其合法性时，会综合考虑建筑的形成时间、当时的法律法规、政策环境等因素，进行个案判断。
- 行政机关的认定：在行政诉讼中，法院通常会尊重行政机关对建筑合法性的初步认定，但也会进行独立审查，确保行政决定的合法性和合理性。
法律后果与建议：
- 若建筑工程被认定为违法建筑，可能面临拆除、罚款、没收违法所得等法律后果。因此，建设单位或个人在建设过程中应严格遵守相关法律法规，确保建筑的合法性。
- 若对行政机关关于建筑合法性的认定有异议，可依法提起行政复议或行政诉讼，通过法律途径维护自身权益。
在处理建筑工程合法性认定问题时，建议咨询专业律师，以便更准确地理解法律法规，制定有效的应对策略。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会结合你的具体情况，提供专业的法律意见。