在非法经营案中，员工的处理方式需依据其在犯罪中的具体作用、参与程度、主观明知情况以及相关法律条款来综合判定。以下是对这一问题的详细解答：
一、员工是否构成犯罪的前提
员工是否会被追究刑事责任，首要取决于其是否明知公司的经营活动具有非法性，并在此基础上积极参与了非法经营行为。若员工对公司的非法经营活动并不知情，或虽知情但未参与实施，则通常不构成犯罪。然而，如果员工不仅知情且积极参与，那么他们可能被认定为共同犯罪中的成员，并因此受到法律的制裁。
二、员工在犯罪中的角色与量刑
主犯：
- 若员工在非法经营活动中起主要作用，如策划、组织非法经营业务，或积极推动非法经营行为的实施，他们将被认定为主犯。
- 根据《刑法》的相关规定，主犯可能面临五年以下有期徒刑或拘役，并处违法所得一倍以上五倍以下罚金；情节特别严重的，处五年以上有期徒刑，并处违法所得一倍以上五倍以下罚金或没收财产。
从犯：
- 若员工在非法经营活动中起次要或辅助作用，如一般业务员按照上级指示开展业务，则属于从犯。
- 对于从犯，法律规定应当从轻、减轻处罚或免除处罚。在实际司法实践中，从犯通常会获得比主犯更轻的刑罚，可能包括缓刑、拘役甚至单处罚金等。
管理人员：
- 管理人员在公司非法经营活动中通常拥有更大的决策权和影响力，因此他们的刑事责任通常会更重。他们不仅可能因直接参与非法经营行为而被追究责任，还可能因对非法经营活动的推动和实施负有更大责任而受到更严厉的处罚。
三、量刑的具体影响因素
犯罪情节轻重：
- 情节特别严重（如经营数额巨大或违法所得数额巨大）的，处五年以上有期徒刑，并处罚金或没收财产。
- 情节严重（如经营数额较大或违法所得数额较大）的，处五年以下有期徒刑或拘役，并处或单处罚金。
- 情节较轻的，可处三年以下有期徒刑、拘役或管制，并处或单处罚金。
主观明知程度：
- 如果员工明知非法仍积极参与，将从重处罚。
- 如果员工因疏忽或受蒙蔽而参与，则可能从轻或减轻处罚。
退赃与认罪态度：
- 如果员工主动退缴违法所得并配合调查，可酌情从轻处罚。
- 如果员工拒不认罪或逃避追责，则可能加重刑罚。
四、法律建议
员工应主动核实业务合法性：在参与公司经营活动前，员工应主动了解并核实业务的合法性，避免参与无证经营、超范围经营等高风险活动。
发现违法行为后立即停止并保留证据：如果员工发现公司存在违法行为，应立即停止参与并保留相关证据，及时向监管部门举报以争取从宽处理。
积极配合司法机关调查：在司法机关介入调查时，员工应如实陈述事实并主动退缴违法所得，以争取更轻的刑罚或免除处罚。
五、典型案例参考
- 案例一：某公司员工协助伪造烟草专卖许可证并销售假烟，涉案金额巨大。法院以非法经营罪判处主犯有期徒刑七年，罚金50万元；从犯（员工）判处有期徒刑三年，缓刑四年，罚金10万元。
- 案例二：网络公司技术人员为赌博平台提供支付接口维护服务，个人获利较小。因系从犯且主动退赃，最终被判处有期徒刑一年六个月，缓刑两年，罚金3万元。
综上所述，在非法经营案中，员工的处理方式需综合考虑多个因素。因此，在处理这类案件时，应仔细分析每个员工的具体情况，确保判决的公正性和合理性。