公司有案件在身时，依然可以依法进行监事的变更。但这一变更过程必须严格遵循《中华人民共和国公司法》及公司章程所规定的程序和流程，以确保变更的合法性和有效性。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据
根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，公司股东会或股东大会享有选举和更换非由职工代表担任的监事的权利，并决定有关监事的报酬事项。同时，监事会中的职工代表则由公司职工通过职工代表大会、职工大会或其他民主形式选举产生或更换。这些规定为公司监事的变更提供了明确的法律基础，不受公司是否涉及案件的影响。
二、可变更的情形
- 任期届满：监事每届任期三年，任期届满后可连选连任。此时，公司应依照程序进行监事的换届选举或更换，无论公司是否涉及案件。
- 自行辞职：监事因个人原因（如工作变动、健康状况等）主动提出辞职时，公司应及时启动监事变更程序，同样不受公司案件的影响。
- 不符合任职资格：若监事出现无民事行为能力、限制民事行为能力，或因贪污、贿赂等犯罪被判处刑罚且执行期满未逾五年等情况，公司应立即进行监事变更，以确保公司治理结构的合法性和有效性。
- 公司决策调整：基于公司战略调整、治理结构优化等考虑，股东会或股东大会可决定更换监事以更好地履行监督职能，这一决策过程也不应受公司案件的影响。
三、变更流程
内部决策：
- 对于非职工代表监事，有限责任公司需召开股东会，股份有限公司则需召开股东大会，对监事变更事项进行表决，并确保满足公司章程规定的表决权比例要求。
- 对于职工代表监事，应通过职工代表大会、职工大会或其他民主形式进行选举或更换。
准备申请材料：
- 包括公司法定代表人签署的《公司登记（备案）申请书》、指定代表或委托代理人的授权委托书及身份证件复印件、监事变动的相关文件（如股东大会会议记录、董事会决议）、新任监事的身份证件复印件以及公司营业执照副本复印件等。
工商登记变更：
- 将准备好的申请材料提交至公司登记机关，申请办理监事变更登记。登记机关将对材料进行审核，确保材料齐全、符合法定形式后，予以受理并进行变更登记。
四、注意事项
- 合法性与合规性：确保整个变更过程符合法律法规及公司章程的规定，避免因变更程序不当而引发的法律风险。
- 文件保存与备案：所有相关文件需妥善保存，并及时向原公司登记机关备案，以便后续查阅和验证。
- 信息更新：变更完成后，及时更新公司登记信息，保持公司信息的准确性和透明度，有助于维护公司的信誉和形象。
总结来说，公司有案件在身时，依然可以依法进行监事的变更。但这一变更过程必须严格遵循法律法规和公司章程的规定，确保变更的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。