公司章程里注明代持股份，在符合法律规定的情况下是合法的。以下是对这一问题的详细分析：
一、代持股份的合法性基础
代持协议的有效性：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一百四十三条，只要代持双方（即实际出资人与名义股东）具备相应的民事行为能力，意思表示真实，且不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，代持协议即有效。
- 《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国公司法〉若干问题的规定（三）》第二十四条也明确规定，如无法律规定的无效情形，人民法院应认定实际出资人与名义出资人之间的代持合同有效。
公司章程的自治性：
- 公司章程是公司内部的“宪法”，它规定了公司的组织结构、运营方式等重要事项。在公司章程中注明代持股份，可以视为公司对内部股权结构的一种自治安排，只要这种安排不违反法律法规的强制性规定，就是合法的。
二、代持股份的操作要点
明确代持协议的内容：
- 代持协议应明确双方的权利和义务，包括但不限于出资义务、股权行使方式、权益分配、纠纷解决机制等。这有助于避免未来因权益分配、股权转让等事项产生纠纷。
遵守“显名”程序：
- 如果实际出资人希望取代名义股东成为公司正式股东，需经公司其他股东半数以上同意。这是为了维护有限责任公司的人合性，确保公司股东之间的信任和合作。
注意特殊行业的规定：
- 在金融、证券等特定行业，对股份代持有更严格的规定和监管要求。例如，某些金融监管政策可能禁止金融机构存在股份代持情形。因此，在这些行业进行代持时，需特别注意遵守相关法规，以避免无效或面临监管处罚。
三、法律风险与防范
权益纠纷风险：
- 代持双方可能因权益分配、股权转让等事项产生纠纷。为防范此风险，代持协议应尽可能详尽地规定双方的权利和义务，以及纠纷解决机制。
监管处罚风险：
- 若代持行为违反相关证券法律法规，可能受到监管机构的处罚。因此，在代持前应充分了解并遵守相关法律法规，必要时可向我咨询以获取更具体的法律指导。
四、实际操作建议
- 进行法律尽职调查：在代持前，对代持双方的法律关系、责任边界以及可能涉及的法律风险进行全面调查。
- 制定完善的代持协议：代持协议应明确、具体，涵盖所有可能涉及的事项，以避免未来纠纷。
- 咨询专业律师：虽然此处我作为陈华律师已经给出了全面的分析，但在实际操作中，每个案件都有其独特性，因此建议在实际操作前向我咨询，以获取更具体的法律指导和帮助。
综上所述，公司章程里注明代持股份在符合法律规定的情况下是合法的，但需注意遵守相关法律法规和公司章程规定，谨慎操作以确保代持行为的合法性和合规性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。