因公共利益占用出让土地的补偿责任主体需分情况讨论，核心结论如下：

1. 若占用行为由政府直接实施（如征收、征用）
   根据《民法典》第243条及《土地管理法》第58条，补偿责任主体为政府。具体流程为：

   • 政府因公共利益需要（如修建基础设施、公共设施）需提前收回国有土地使用权的，应对原土地使用权人（即出让合同中的受让人）给予补偿；
     
   • 补偿范围包括土地使用权剩余年限的价款、地上附着物损失、搬迁安置费用等，补偿标准需参照市场评估价或当地政府制定的具体标准。
     例：政府因修建地铁需收回某企业通过出让方式取得的商业用地，补偿款由政府直接支付给该企业。

2. 若占用行为由第三方实施（如企业因公共项目占用）
   需进一步区分两种情形：

   • 情形一：第三方经政府授权或委托实施占用
     若第三方（如公用事业企业）因执行政府规划的公共项目（如铺设管道、架设线路）占用土地，补偿责任仍由政府承担，但政府可与第三方约定内部责任分担。
     例：电力公司经政府许可占用某小区土地建设变电站，补偿款由政府向小区业主支付，电力公司可能需承担部分实施成本。
     
   • 情形二：第三方未经授权擅自占用
     若第三方无合法依据占用土地，构成侵权，原土地使用权人可依据《民法典》第1165条要求第三方赔偿损失，同时可要求政府履行监管职责。
     例：某开发商未经许可占用他人出让土地建设停车场，土地使用权人可起诉开发商要求恢复原状或赔偿损失。

3. 特殊情形：土地出让合同约定补偿条款
   若出让合同中明确约定“因公共利益占用时的补偿方式”（如约定由出让人即国土部门负责补偿），则按合同约定执行。但此类条款需符合《民法典》第143条关于民事法律行为效力的规定（如不违反法律强制性规定、不违背公序良俗），否则可能被认定无效。

建议行动：

• 若您是土地使用权人，需先核实占用主体（政府/第三方）及占用依据（文件/合同）；
  
• 收集土地出让合同、权属证明、占用通知等证据，通过行政复议或诉讼主张权利；
  
• 若涉及第三方侵权，可同步要求政府履行查处职责。
  

如有具体案件细节，可进一步向我说明，我将结合证据材料为您分析补偿方案及维权路径。