结论：网贷逾期支付令被执行扣款后，若仅偿还本金，能否申请退回已扣款项需分情况讨论，具体取决于执行程序是否合法、是否存在超额扣划以及是否涉及其他费用等核心因素。

1. 若执行程序合法且扣划金额未超出本金范围
   根据《民事诉讼法》第243条，执行法院扣划存款时需以生效法律文书确定的金额为限。若支付令明确仅需偿还本金，且执行过程中未附加利息、违约金、诉讼费等费用，则扣划金额应严格等于本金。此时若已全额扣划本金，执行程序即告终结，无合法依据申请退回。
   例外情形：若执行过程中存在计算错误（如系统故障导致重复扣划），可依据《最高人民法院关于人民法院执行工作若干问题的规定（试行）》第71条，向执行法院提出书面异议，要求纠正错误并退还多余款项。

2. 若执行程序违法或扣划金额超出本金范围

   • 超额扣划利息/费用：若支付令载明需偿还本金及合法利息、费用，但执行时扣划金额超过法定利率上限（如LPR4倍）或未明确告知的费用项目，可依据《民法典》第680条及《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》第25条，主张超额部分无效，要求执行法院退还。
     
   • 未预留必要生活费用：根据《民事诉讼法》第243条，执行法院应保留被执行人及其扶养家属的生活必需费用。若扣划后导致基本生活困难，可依据《最高人民法院关于人民法院民事执行中查封、扣押、冻结财产的规定》第5条，向法院申请保留必要生活费用，并退还多余部分。
     
   • 执行程序瑕疵：若执行法院未依法送达支付令、未告知异议权利或存在其他程序违法情形，可依据《民事诉讼法》第232条，向上一级法院申请复议或提起执行异议之诉，要求撤销执行行为并退还款项。

3. 若已部分履行后达成和解
   若在执行过程中与债权人达成和解协议（如分期偿还、减免部分费用），且法院已根据和解协议调整执行标的，但后续仍被全额扣划本金，可依据《最高人民法院关于执行和解若干问题的规定》第6条，以和解协议已履行为由，申请执行法院退还多扣款项。

行动建议：

1. 立即向执行法院调取《执行裁定书》《扣划通知书》等法律文书，核对扣划金额与支付令确定的义务是否一致；
   
2. 若发现超额扣划或程序违法，应在收到扣划通知后10日内向执行法院提交《执行异议申请书》，并附相关证据（如银行流水、支付令文本、和解协议等）；
   
3. 若对执行法院裁定不服，可在收到裁定后10日内向上一级法院申请复议。
   

提示：执行程序具有强制性，退还款项需以法定事由为前提，建议优先通过法律程序主张权利，避免自行与债权人协商导致证据灭失。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程。