结论：两人合作中，一方作为法人未经股东重新补一套章的行为是否违法，需根据具体情况判断，但通常这种行为可能涉及违法或违规，具体分析如下：
一、公司章程与股东会决议的约束
公司章程的效力：公司章程是公司设立时制定的，对公司、股东、董事、监事、高级管理人员具有约束力的文件。它规定了公司的组织结构、管理方式、股东权利与义务等重要事项。若公司章程中明确规定了印章的保管、使用及补刻等程序，那么任何违反这些程序的行为都可能构成对公司章程的违反。
股东会决议的必要性：对于涉及公司重大利益的事项，如印章的补刻，通常需要经过股东会或董事会的决议。这是为了确保公司决策的民主性和科学性，保护股东的利益。若法人未经股东会决议擅自补刻印章，可能构成对公司决策程序的违反。
二、印章管理的法律规定
印章的合法性：根据相关法律法规，公司的印章必须是在公安机关备案的合法印章。任何未经备案的印章都是非法的，不得使用。若法人补刻的印章未经备案，则该印章本身就不具有法律效力。
印章的使用与管理：公司应建立健全印章管理制度，明确印章的保管、使用、审批等程序。法人作为公司的高级管理人员，应严格遵守这些制度。若法人未经授权擅自使用或补刻印章，可能构成对公司财产权的侵害或滥用职权。
三、可能涉及的法律后果
民事责任：若法人的行为给公司或其他股东造成了损失，那么法人可能需要承担赔偿责任。这包括因擅自补刻印章而导致的经济损失、名誉损害等。
行政责任：若法人的行为违反了相关行政法规，如未经备案擅自补刻印章，那么可能面临行政处罚，如罚款、没收违法所得等。
刑事责任：在极端情况下，若法人的行为构成了犯罪，如滥用职权罪、伪造公司印章罪等，那么可能需要承担刑事责任。
四、建议与措施
立即停止违法行为：若法人已经擅自补刻了印章，应立即停止使用该印章，并尽快向公安机关备案或注销。
召开股东会或董事会：就印章补刻事宜召开股东会或董事会，形成决议并明确后续处理方式。这有助于恢复公司的正常管理秩序和保护股东的利益。
完善公司章程与管理制度：建议公司完善章程和管理制度，明确印章的保管、使用及补刻等程序，以防止类似事件的再次发生。
寻求法律帮助：若因法人的行为给公司或其他股东造成了损失，建议及时寻求法律帮助，通过法律途径维护自己的权益。
若您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将竭诚为您提供专业的法律服务。