关于耕地耕作层破坏后能否按耕地进行补偿的问题，结论需分情况讨论，具体如下：

1. 若耕作层破坏未改变土地用途性质
   根据《土地管理法》第四条，国家实行土地用途管制制度，耕地属于农用地范畴。若耕作层破坏仅因短期施工（如临时堆放建材、机械碾压）导致土壤肥力下降，但土地仍具备恢复耕种的条件，且未被规划为建设用地或其他用途，则仍应按耕地标准补偿。补偿范围通常包括：
   
   • 土地复垦费用：由责任方承担恢复耕作层的成本（如深耕、施肥、土壤改良等）；
     
   • 直接损失补偿：如当季作物减产或绝收的损失；
     
   • 间接损失补偿：若恢复期较长，可能涉及未来1-2年的预期收益损失。
     

法律依据：《土地管理法》第四十二条明确规定，因挖损、塌陷、压占等造成土地破坏的，用地单位和个人应当按照国家有关规定负责复垦；没有条件复垦或复垦不符合要求的，应当缴纳土地复垦费，专项用于土地复垦。

1. 若耕作层破坏导致土地用途变更
   若破坏行为导致耕地无法恢复（如被永久性硬化、污染或纳入征收范围转为建设用地），则补偿标准需按变更后的用途计算。例如：
   
   • 征收为建设用地：根据《土地管理法》第四十八条，补偿项目包括土地补偿费、安置补助费、地上附着物和青苗补偿费，标准由省级政府制定，通常高于耕地年产值倍数；
     
   • 转为其他农用地（如林地、草地）：补偿标准可能参照相邻地块同类用途的评估价值。
     

关键点：需以自然资源部门出具的《土地用途变更审批文件》或《征收决定》为准，若未履行法定程序擅自改变用途，可能涉及违法用地，补偿主张可能被驳回。

1. 特殊情形：责任方未明确或争议较大
   若破坏行为由第三方（如企业施工、个人侵权）导致，且责任方未履行复垦义务，农户可同时主张：
   
   • 民事赔偿：依据《民法典》第一千二百二十九条（环境污染和生态破坏责任），要求责任方赔偿土地修复费用及损失；
     
   • 行政救济：向自然资源部门举报，要求责令限期改正或处罚，并协调补偿事宜。
     

建议：及时固定证据（如现场照片、土壤检测报告、损失评估报告），通过协商、行政调解或诉讼途径解决。

总结：耕作层破坏后的补偿标准，核心取决于土地用途是否实际变更。若未变更，按耕地标准补偿并要求复垦；若已变更，按新用途标准补偿。具体操作中需结合地方政策、破坏程度及责任认定综合判断。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体案例。