结论：在行政行为违法复议案中，申请人对被申请人的回复意见是否需要作出应对，取决于具体情况和复议程序的要求。以下从多个角度进行分析：
一、复议程序的要求
复议机关的审查流程：
- 在行政复议过程中，复议机关会要求被申请人提交书面答复，并可能要求提交当初作出具体行政行为的证据、依据和其他有关材料。
- 申请人有权查阅被申请人提出的书面答复、作出具体行政行为的证据、依据和其他有关材料，除涉及国家秘密、商业秘密或者个人隐私外。
申请人的应对权利：
- 根据《中华人民共和国行政复议法》的相关规定，申请人有权对被申请人的回复意见进行反驳或补充说明。
- 如果申请人认为被申请人的回复意见不充分、不准确或存在错误，可以向复议机关提出自己的观点和证据，以支持自己的复议请求。
二、应对的必要性
维护自身权益：
- 如果申请人认为行政行为违法，且被申请人的回复意见未能充分解释或反驳其违法性，申请人有必要作出应对，以维护自己的合法权益。
- 通过提出反驳意见或补充证据，申请人可以更有效地说服复议机关支持其复议请求。
促进复议程序的公正性：
- 申请人对被申请人的回复意见作出应对，有助于复议机关更全面地了解案件事实和法律适用情况。
- 这有助于复议机关作出更公正、合理的复议决定，从而维护行政复议制度的公正性和权威性。
三、应对的方式和策略
书面反驳或补充说明：
- 申请人可以撰写书面材料，对被申请人的回复意见进行逐点反驳或补充说明。
- 在书面材料中，申请人应明确指出被申请人的回复意见中存在的问题和错误，并提供相应的证据和法律依据。
口头陈述和辩论：
- 在复议机关组织的听证会或口头审理中，申请人可以口头陈述自己的观点和理由，并与被申请人进行辩论。
- 这有助于申请人更直接地表达自己的诉求和意见，增强复议程序的互动性和公正性。
四、不应对的可能后果
复议决定可能不利于申请人：
- 如果申请人不对被申请人的回复意见作出应对，复议机关可能仅根据被申请人的回复意见作出复议决定。
- 这可能导致复议决定对申请人不利，无法有效维护申请人的合法权益。
错过救济时机：
- 行政复议是申请人寻求行政救济的重要途径之一。如果申请人不积极应对被申请人的回复意见，可能错过通过复议程序纠正违法行政行为的机会。
建议：在行政行为违法复议案中，申请人应密切关注复议程序的进展，及时对被申请人的回复意见作出应对。如果申请人不确定如何应对或需要法律帮助，可以直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律意见和帮助。