企业有案件在身时，是可以变更财务负责人的，但需确保变更过程合法合规，并充分考虑案件可能对变更产生的影响。以下从多个角度为你详细分析：

一、变更的合法性基础

财务负责人的变更，本质上属于公司内部人事调整的范畴，只要符合公司章程和相关法律法规的规定，就是合法的。公司章程通常会规定财务负责人的任免程序，如需由股东会决议、董事会决策或其他相关治理机构批准等。因此，在变更财务负责人时，应首先查阅公司章程，确保变更程序符合规定。

二、变更的具体流程

1. 内部决策：根据公司实际情况，由公司管理层或董事会等做出变更财务负责人的决定。这一决定应基于公司运营需要、人员岗位调整或离职等合理原因。

2. 准备文件：需准备一系列文件和材料，包括变更申请文件（说明变更原因）、新财务负责人的相关信息（姓名、身份证号、联系方式等）、新财务负责人的任职文件或任命书、原财务负责人的辞职报告（如有）以及相关身份证明和资格证明等。

3. 办理变更登记：

   • 工商变更登记：将准备好的文件提交给当地的工商行政管理部门，办理财务负责人的变更登记手续。工商部门审核通过后，会对企业登记信息中的财务负责人信息进行更新。
   • 税务变更登记：携带工商变更通知书、新财务负责人身份证明等资料前往税务部门，办理税务登记信息中财务负责人的变更，以确保税务系统信息的准确性。

三、案件对变更的影响及应对

1. 案件性质与影响：企业涉及的案件性质（如民事纠纷、刑事案件等）可能对财务负责人的变更产生一定影响。例如，若案件涉及财务负责人个人，则变更可能需更加谨慎，以避免引发新的法律风险。

2. 应对措施：

   • 咨询专业意见：在进行变更前，建议向我咨询，以获取针对公司具体情况的法律建议和指导。我可以帮助你分析案件对变更的影响，并提供合规的变更方案。
   • 确保程序合规：无论案件性质如何，变更过程都必须严格遵循公司章程和相关法律法规的规定。避免因程序不当而引发纠纷或承担法律责任。
   • 及时更新信息：关注税务、工商等相关部门的登记和备案要求，确保变更后的财务负责人信息得到及时更新和认可。这有助于维护企业的正常运营和信誉。

四、法律风险与合规建议

1. 法律风险：若变更过程存在程序不当、信息不实或未及时更新等情况，可能引发法律纠纷或承担法律责任。例如，因变更未及时更新税务登记信息而导致税务处罚等。

2. 合规建议：

   • 严格遵循程序：确保变更过程严格遵循公司章程和相关法律法规的规定。
   • 完善文件材料：准备齐全、真实的文件和材料，以支持变更的合法性和合规性。
   • 关注后续影响：变更后，应持续关注案件进展和相关部门的要求，确保企业运营不受影响。

企业在有案件在身时变更财务负责人是可行的，但需确保变更过程合法合规，并充分考虑案件可能对变更产生的影响。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。